学位论文 > 优秀研究生学位论文题录展示

中国六个牛品种CCK，PP基因SNPs检测及其与生长性状相关分析

作　者: 刘俊霞
导　师: 李飞；陈宏
学　校: 石河子大学
专　业: 动物遗传育种与繁殖
关键词: 牛 SNPs 候选基因生产性状
分类号: S823
类　型: 硕士论文
年　份: 2011年
下　载: 12次
引　用: 0次
阅　读: 论文下载

内容摘要

本实验分别以郏县红牛、南阳牛、秦川牛、鲁西牛、草原红牛和中国荷斯坦奶牛6个群体共1390份血样为实验材料,并提取基因组DNA作为后续试验中PCR的模板。主要运用DNA池测序,PCR-SSCP技术以及PCR-RFLP, Forced PCR-RFLP相结合的方法,对牛CCK基因和PP基因进行了遗传变异的检测,对二基因的群体遗传结构以及遗传多样性进行了分析,并分别分析了CCK和PP基因不同基因位点在郏县红牛、南阳牛和秦川牛3个群体的多态性与其生长性状的关联性。从而检验二基因的多态位点对所研究的牛群体生长发育的遗传效应。希望能检测出对经济性状具有显著效应的遗传标记,为我国地方牛的高效选育和分子标记提供理论依据。本研究获得了以下主要结果：1.六个牛品种CCK基因SNPs的筛选与多态性分析本实验主要是在基因组水平上筛选CCK基因的突变情况,筛选工作在中国六个牛品种中进行,共筛选出5个突变。检出5处SNP分别在5’端,第一外显子,内含子,3’端。在检测到5个SNPs （NW₀01494083:617G>A、1224T>C、1275G>C、5200T>C和5341C>T）中只有1224T>C、1275G>C位于编码区,并且1275G>C是一个错义突变,该突变导致该基因序列上一个内切酶PVUⅡ切割位点的消失。5200T>C位于CCK基因的内含子区,且该处变异导致了一个新的XspⅠ酶切位点的产生。5341位C>T的突变导致了EcoRⅡ酶切位点的消失。Forced PCR-RFLP的方法分别对617位G>A和1224位T>C进行检测。在检测到的SNP不同基因型位点仅有部分群体处于Hardy-Weinberg不平衡的状态,绝大部分群体处于Hardy-Weinberg平衡状态。在第一外显子上的两个连锁突变的多态信息含量在南阳牛和鲁西牛处于中度多态（0.25<P<0.05）,其余突变位点的多态均为低度的。基因型分布的x2独立性检验结果显示：在不同的牛品种之间,它们的差异也比较大。第一外显子的两个连锁突变形成的不同基因型在南阳牛（NY）与鲁西牛（LX）品种之间差异不显著（P>0.05）；秦川牛（QC）与草原红牛（CY）和荷斯坦奶牛（CH）品种之间差异不显著（P>0.05）；草原红牛（CY）与中国荷斯坦奶牛（CH）品种之间的差异是不显著的（P>0.05）；郏县红牛（JX）与中国荷斯坦奶牛（CH）品种之间的差异存在显著相关（P<0.05）；其余的品种两两之间均存在极显著差异（P<0.01）。5’端突变的Forced PCR-RFLP分析结果显示：郏县红牛和南阳牛均与秦川牛,草原红牛中国荷斯坦奶牛之间存在着极显著的差异（P<0.01）；鲁西牛与中国荷斯坦奶牛之间也存在极显著的差异（P<0.01）；草原红牛与鲁西牛之间也存在显著差异（0.01<P<0.05）；而其余牛品种之间的差异不显著（P>0.05）。内含子的分析结果为郏县红牛和南阳牛均与其他四个牛品种之间均存在极显著的差异（P<0.01）；且郏县红牛与南阳牛,鲁西牛之间也存在着显著的差异（0.01<P<0.05）；而其余牛品种间差异不显著。3’端突变PCR-RFLP分析结果显示出：南阳牛与秦川牛,草原红牛,中国荷斯坦奶牛之间存在差异极显著（P<0.01）；秦川牛与郏县红牛,鲁西牛之间也存在着极显著的差异（P<0.01）；郏县红牛和鲁西牛均与草原红牛,中国荷斯坦奶牛之间存在着显著差异（0.01<P<0.05）；南阳牛与郏县红牛,秦川牛与草原红牛之间也存在显著差异（0.01<P<0.05）；剩下的牛品种间差异不显著。2.CCK基因的多态性与三个主要牛品种的生产性状的关联分析CCK基因中二连锁突变形成的不同基因型与生产性状的关联分析结果显示：在南阳牛群体中,12月龄时,AB基因型个体与AA基因型个体在体重上存在着显著的差异（P<0.05）；然而BB基因型个体与AA基因型个体在胸围方面存在着极显著的差异（P<0.01）。18月龄时,AB和BB基因型个体在体重,体长,平均日增重和胸围性状上与AA基因型均存在极显著的差异（P<0.01）；BB基因型个体与AB基因型个体在体重和平均日增重上存在极显著的差异（P<0.01）。24月龄时,AB和BB基因型在体重,胸围和体长上与AA基因型存在极显著的差异（P<0.01）。其余各项指标没有显著的关联（P>0.05）。其余三个突变位点的不同基因型与南阳牛的生产性状均不相关。5’端突变位点形成的不同基因型与郏县红牛生产性状的关联分析结果显示：GA型个体的体高与GG型和AA型均存在显著差异（P<0.05）；GA型个体与AA型个体在坐骨端宽上存在显著差异（P<0.05）；GA型与GG和AA型个体在十字部高均有显著差异；AA型与GG型也有显著差异（P<0.05）；GA与GG在荐高上也存在显著差异（P<0.05）；其余基因型之间不存在显著差异。其余突变与郏县红牛的生产性状均不相关。在秦川牛群体中该位点的分析结果显示：二连锁突变形成的AB基因型与AA, BB基因型在腰角宽存在显著差异,BB基因型与AB, AA也存在显著差异（P<0.05）；AA基因型的尻长和体重与AB和BB型有显著差异（P<0.05）。3’端突变会引起TT和TC在体高十字部高均有显著差异（P<0.05）。其余基因型和突变均与秦川牛的生产性状不相关。3.PP基因在六个牛品种中SNPs的筛选与多态性分析用混合DNA池测序法和SSCP法,在所选的六个中国地方牛品种的测序中均未筛选出SNP。

全文目录

摘要  5-7
Abstract  7-12
引言  12-13
第一章文献综述  13-20
  1.1 本实验所涉及牛品种的简介  13-15
    1.1.1 草原红牛(图1-1)  13
    1.1.2 鲁西牛(图1-2)  13
    1.1.3 南阳牛(图1-3)  13-14
    1.1.4 秦川牛(图1-4)  14
    1.1.5 郏县红牛(图1-5)  14-15
    1.1.6 中国荷斯坦奶牛(图1-6)  15
  1.2 改良牛品种的生物技术的概述  15-16
    1.2.1 分子育种的简介  15
    1.2.2 SNP遗传标记的介绍  15-16
  1.3 本实验候选基因的研究进展  16-19
    1.3.1 CCK基因的研究概况  16-18
    1.3.2 PP(pancreatic polypeptide)基因研究进展  18-19
  1.4 本实验的研究目的和意义  19-20
    1.4.1 国内肉牛两种育种以及对牛肉的需求  19
    1.4.2 为肉牛分子育种和选育提供理论上的依据  19-20
第二章材料与方法  20-26
  2.1 实验材料  20
    2.1.1 实验动物DNA样品的来源  20
    2.1.2 实验数据的整理与收集  20
    2.1.3 实验所涉及到的主要试剂(见附录3)  20
    2.1.4 所涉及到的溶液及缓冲液的配制(见附录4)  20
    2.1.5 本实验所用仪器设备及出处(见附表1)  20
  2.2 试验方法  20-24
    2.2.1 牛血样基因组DNA的提取方法  20-21
    2.2.2 候选基因SNPs的筛选  21-24
  2.3 资料的统计与分析  24-26
    2.3.1 不同基因座等位基因频率、基因型频率、不同基因型之间x~2独立性检验、群体遗传参数(Ho、He、Ne、PIC)、HWE平衡的检测及与遗传标记与性状的关联分析统计模型(见附录8)  24
    2.3.2 连锁不平衡分析  24-25
    2.3.3 遗传标记和性状的关联分析统计模型  25-26
第三章候选基因遗传变异的检测  26-37
  3.1 黄牛六个品种基因组DNA样品的检测  26
  3.2 实验所用黄牛样品CCK基因的SNPs检测  26-35
    3.2.1 DNA池筛选以及琼脂糖凝胶电泳检测  26-28
    3.2.2 混合DNA池测序法筛选SNPs  28
    3.2.3 CCK基因突变的PCR-RFLP检测  28-30
    3.2.4 PCR-RFLP后的各种带型测序图  30-32
    3.2.5 CCK基因突变位点的Forced PCR-RFLP检测  32-35
  3.3 实验所用黄牛样品PP基因的SNPs检测  35-37
    3.3.1 PCR扩增产物后琼脂糖凝胶检测  35
    3.3.2 DNA池测序法筛选SNPs  35-37
第四章 CCK基因多态性的群体遗传学分析  37-48
  4.1 CCK基因群体遗传的结构分析  37-42
    4.1.1 CCK基因第一外显子的错义突变  37-38
    4.1.2 CCK基因第一外显子的同义突变  38
    4.1.3 CCK基因5’端突变  38-40
    4.1.4 CCK基因内含子区的突变  40-41
    4.1.5 CCK基因3’端突变  41-42
  4.2 CCK基因多态位点的连锁不平衡分析  42-48
第五章候选基因的多态性与南阳牛(NY)、秦川牛(QC)以及郏县红牛(JX)生产性状的相关分析  48-58
  5.1 南阳牛(NY)群体中CCK基因多态位点与生产性状的相关分析  48-52
    5.1.1 CCK基因E1位点的二连锁突变在NY群体中与生产性状的关联分析  48-49
    5.1.2 CCK基因P5’位点在南阳牛群体中与生产性状的关联分析  49-50
    5.1.3 CCK基因内含子突变在南阳牛群体中与生产性状的关联分析  50-51
    5.1.4 CCK基因3’端突变在南阳牛群体中与生产性状的关联分析  51-52
  5.2 郏县红牛(JX)群体CCK基因的SNP与生产性状的关联性分析  52-55
    5.2.1 外显子1上两个连锁突变在郏县红牛群体中的关联分析  52-53
    5.2.2 5’端突变在郏县红牛群体中的关联分析  53-54
    5.2.3 内含子突变与郏县红牛群体的关联分析  54-55
    5.2.4 3’端突变与郏县红牛群体的关联分析  55
  5.3 秦川牛(QC)群体中CCK基因的多态性与生产性状的关联性分析  55-58
    5.3.1 外显子1上两个连锁突变在秦川牛群体中的关联分析  55-56
    5.3.2 5’端突变在秦川牛(QC)群体中的关联分析  56
    5.3.3 内含子突变在秦川牛群体中的关联分析  56-57
    5.3.4 3’端突变在秦川牛群体中的关联分析  57-58
第六章讨论与结论  58-61
  6.1 讨论  58-59
    6.1.1 CCK基因的多态性及其与生产性状的相关分析  58-59
  6.2 结论  59-60
  6.3 创新点  60-61
参考文献  61-66
附表  66-69
附录  69-76
致谢  76-77
作者简介  77-78
导师评阅表  78

中国六个牛品种CCK，PP基因SNPs检测及其与生长性状相关分析

内容摘要

全文目录

相似论文