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基于靶基因比较MicroRNA与HBV蛋白的作用模式

作　者: 杨琳琳
导　师: 曹志伟
学　校: 华东理工大学
专　业: 生物化工
关键词: 乙肝 microRNA HBV蛋白靶基因 GO 网络
分类号: R512.62
类　型: 硕士论文
年　份: 2012年
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内容摘要

乙型肝炎病毒(hepatitis B virus, HBV)感染是当前严重威胁人类健康的病毒性疾病之一。我国正处于乙型肝炎的高发地区,是乙肝患者大国。microRNA (miRNA)是一种广泛存在于真核生物中的的内源性单链小分子RNA,它可以与靶基因序列进行特异性地结合,在转录或翻译水平实现负调控。近年来,miRNA在乙肝研究中逐渐成为热点,许多研究证实microRNA (miRNA)可以介导宿主与病毒之间的相互作用,阐明miRNA在HBV感染中的作用有助于新型治疗策略的提出。然而,miRNA的多靶点特性限制了其功能研究。为了研究miRNA对HBV的调节机制,本文在靶基因水平上比较了HBV相关miRNA和HBV蛋白的功能谱,采用半定量手段进行功能分析并从网络层面挖掘其潜在的作用模式。结果表明,在靶基因水平上,miRNA功能较为集中,HBV蛋白的作用效应可能更为广泛；在网络拓扑结构上,miRNA主要通过直接作用于HBV蛋白的靶基因及其邻居节点达到其调节作用；在生理效应上,miRNA在凋亡、细胞周期以及体液免疫的调节上呈现出拮抗HBV蛋白效应的趋势。本研究不仅为miRNA的靶点功能研究提供了一种良好的方法,而且miRNA在HBV感染中的作用模式可以有助于今后基于miRNA的乙肝治疗方案的提出。

全文目录

摘要  5-6
Abstract  6-9
第1章前言  9-21
  1.1 乙型肝炎病毒  9-14
    1.1.1 HBV病毒颗粒特征  9-10
    1.1.2 HBV的流行病学  10-12
    1.1.3 HBV相关疾病的病程发展和治疗  12-13
    1.1.4 HBV研究现状  13-14
  1.2 MicroRNA参与调控多种生物过程  14-19
    1.2.1 MicroRNA的产生和作用机制  14-15
    1.2.2 MicroRNA与疾病  15-18
    1.2.3 MicroRNA研究现状  18-19
  1.3 研究miRNA对HBV调节机制的必要性及可行性  19
  1.4 课题研究的目的与意义  19-21
第2章实验材料与方法  21-33
  2.1 数据的收集和预处理  21-22
    2.1.1 HBV蛋白靶点数据收集  21
    2.1.2 HBV相关的miRNA靶点数据收集  21
    2.1.3 HBV蛋白靶基因和HBV-miRNA表达水平的确定  21-22
  2.2 GO分析  22-25
    2.2.1 GO富集分析  22-23
    2.2.2 GO谱相似性分析  23
    2.2.3 靶点作用模式的判定  23-25
  2.3 网络分析  25-28
    2.3.1 构建蛋白-蛋白相互作用网络  25
    2.3.2 构建最小子网络  25-26
    2.3.3 构建核心网络  26-27
    2.3.4 网络参数的计算  27-28
    2.3.5 网络分解  28
  2.4 图形展示  28-31
    2.4.1 Cytoscape软件  28-29
    2.4.2 Microsoft office visio软件  29-30
    2.4.3 MEGA软件  30-31
  2.5 工作流程  31-33
第3章 HBV蛋白靶基因和HBV-miRNA靶基因的数据收集和统计  33-40
  3.1 HBV蛋白靶基因  33-37
  3.2 HBV-miRNA靶基因  37-38
  3.3 本章小结  38-40
第4章 HBV蛋白靶基因和HBV-miRNA靶基因的GO功能谱分析  40-48
  4.1 GO富集分析  40-41
  4.2 GO谱的相似性  41-43
  4.3 GO功能分区  43-46
  4.4 HBV蛋白靶基因和HBV-miRNA靶基因对GO生理过程的作用模式统计  46-47
  4.5 本章小结  47-48
第5章 HBV蛋白靶基因和HBV-miRNA靶基因的网络特征  48-56
  5.1 HBV蛋白靶基因和HBV-miRNA靶基因的网络特征  48-49
  5.2 HBV蛋白靶基因和HBV-miRNA靶基因的子网络构建  49-51
  5.3 HBV蛋白靶基因和HBV-miRNA靶基因的核心网络构建  51-55
    5.3.1 两组靶基因对凋亡过程的调节  53-54
    5.3.2 两组靶基因对免疫的调节  54
    5.3.3 两组靶基因对细胞周期的调节  54
    5.3.4 HBV蛋白靶基因和HBV-miRNA靶基因呈拮抗模式  54-55
  5.4 本章小结  55-56
第6章结论与展望  56-59
  6.1 结论  56-57
  6.2 展望  57-59
参考文献  59-69
致谢  69-70
科研成果  70

基于靶基因比较MicroRNA与HBV蛋白的作用模式

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