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基于基因芯片的基因表达模式分析

作　者: 王玉鹏
导　师: 纪志梁
学　校: 厦门大学
专　业: 细胞生物学
关键词: 基因芯片数据分析差异表达基因
分类号: Q78
类　型: 硕士论文
年　份: 2007年
下　载: 263次
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内容摘要

基因芯片含有寡核苷酸探针或者cDNA探针,用来在一次实验中同时测量成千上万个基因的表达水平。基因表达模式分析系统(GEPS:the Gene ExpressionPattern Scanner)是一个在线的交互式基因芯片数据分析平台,可对基因表达谱进行相关性分析,相似性分析和特异表达分析。这些分析模式是利用空间几何,相关性分析的方法,系统地、全局地鉴定的,并且有图形化和量化显示。用户可以设置分析时的阀值。另外,为了更好地理解基因表达模式,我们从两个基因芯片数据库GEO和GNF下载了329205个非冗余的基因表达纪录,并提供给用户作为参考。GEPS的网址是:http://bioinf.xmu.edu.cn/software/geps/geps.php.在GEPS的基础之上,我们构建了组织特异表达数据库(TSED:Tissue-SpecificExpression Database)。TSED收集了4个公共基因芯片数据集,包含113个人类和小鼠的组织和3455个组织特异表达基因。TSED允许用户根据基因或者组织查询。TSED的网址是:http://bioinf.xmu.edu.cn/databases/TSED/search.php.基因芯片另外一个重要应用是鉴定差异表达基因或者生物标识。差异表达基因常常是通过统计学方法来鉴定的,主要包括:倍数方法,t检验,F检验,SAM,规则t检验等。这些方法都有一定的局限,或者是假阳性率太高或者代表差异表达程度的变量不合适。我们提出了改进F检验和改进t检验,其原理是标准的F值和t值乘上它们各自的变异系数。用两组真实的芯片数据集进行测试,通过散点图分析和随机置换的方法评估假阳性率和假发现率,改进F检验和改进t检验具有一定的优良性能。将得到的差异表达基因按照生理功能分类,显示了一定的相关性和合理性。

全文目录

摘要  8-9
Abstract  9-11
前言  11-20
  1 基因芯片技术简介  11-14
  2 基因芯片的应用  14-15
  3 国内外生物芯片产业的发展概况  15-17
  4 基因芯片的数据分析  17-20
第一章基因表达模式分析系统(GEPS)的构建  20-41
  1 引言  20
  2 方法  20-23
    2.1 GEPS的数据  20-21
    2.2 基因表达模式的分析  21-23
  3 GEPS的页面设计与结果显示  23-41
    3.1 软件部分  23-30
    3.2 数据库部分  30-36
    3.3 组织特异表达基因分析  36-41
第二章基因芯片显著性分析统计学方法的比较和改进  41-58
  1 引言  41-42
  2 方法  42-50
    2.1 研究目的和意义  42
    2.2 数据  42
    2.3 改进F检验  42-43
    2.4 改进F检验的性能  43-45
    2.5 改进t检验  45-46
    2.6 改进t检验与标准t检验、倍数方法的性能比较  46
    2.7 改进t检验与贝叶斯正规t检验的性能比较  46-49
    2.8 改进t检验与SAM的性能比较  49-50
    2.9 改进F检验和改进t检验的整体特征  50
  3 应用与结果  50-58
    3.1 运用改进F检验分析成神经管细胞瘤相关基因  50-55
    3.2 运用改进t检验分析受吸烟影响的基因  55-58
总结与讨论  58-60
参考文献  60-70
硕士在读期间发表论文  70-71
致谢  71

基于基因芯片的基因表达模式分析

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