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蛋白质组学中的生物信息学研究

作　者: 刘珍
导　师: 梁宋平；谢锦云
学　校: 湖南师范大学
专　业: 生物化学与分子生物学
关键词: 整合数据库数据分析蛋白质相互作用功能预测生物途径重构
分类号: Q51
类　型: 硕士论文
年　份: 2005年
下　载: 587次
引　用: 5次
阅　读: 论文下载

内容摘要

建立一个能够满足研究需要的生物信息学平台,包括整合的本地数据库平台,完善的软件集成系统以及自主开发出的新的计算理论,新的算法,新的软件体系来对产生的原始数据进行处理和分析,获得传统生物学实验工作无法得到的结果,是深化本实验室开展多年的蛋白质组学和蜘蛛毒素组学研究的一个重要任务。这里我们建立了小鼠和人的蛋白质组整合数据库、开发了一套包括结果文件的信息提取、功能预测、相互作用预测、代谢途径预测的综合蛋白质分析平台、改进了系统发生谱的蛋白质相互作用预测的算法、开发了一个基于序列信息的代谢途径预测方法,使实验室的数据处理与数据分析过程初步实现程序化、系统化。全基因组序列的获得,促进了蛋白质组规模的研究生物功能的工具的发展。许多实验或‘in silico’的方法旨在保证生物学意义的同时,把单个的蛋白质聚类成网络。这些方法之中,系统发生谱(phvlogenetic profiles)的方法,是一个比较受欢迎的‘in silico’的蛋白质组预测方法,现已广泛用于蛋白质相互作用预测。近来,Date et al改进了这个方法,用于基因组规模下重构蛋白质的相互作用网络以及挖掘新的细胞系统。这里,我们在这个改良版本的基础下优化系统发生谱方法。通过整合物种的系统发生关系、同源性查找、蛋白质功能注释的信息,来提高预测的精确度。在细节上对参考物种以及同源性搜索进行研究,我们发现它们的选择对系统发生谱方法的预测准确度有着至关重要的影响。经我们优化得到的预测数据与改良版本预测出的相互作用数据进行比较的结果表明在预测蛋白质的功能联接时,优化后的系统发生谱方法具有更高的可靠性。我们还深入研究了生物途径重构的方法。生物途径以及其它类型

全文目录

缩写表(中英文对照表)  4-6
中文摘要  6-8
英文摘要  8-11
第一章前言  11-25
  1．1 生物信息学简介  11-12
  1．2 常用的蛋白质数据库和分析软件  12-16
  1．3 几种预测未知蛋白质功能的方法  16-18
  1．4 现有的蛋白质相互作用预测方法  18-21
  1．5 生物代谢途径重构的研究现状  21-25
第二章生物信息学平台的建立  25-35
  2．1 实验室服务器配置  25-27
  2．2 数据库平台的建立  27-29
  2．3 自主开发的综合分析体系  29-34
  2．4 自主开发的相关算法  34-35
第三章对蛋白质相互作用预测的系统发生谱方法的改进  35-49
  3．1 材料和方法  35-38
  3．2 结果  38-47
  3．3 讨论  47-49
第四章蛋白质相互作用网络中代谢途径的挖掘  49-67
  4．1 材料和方法  49-55
  4．2 结果  55-64
  4．3 讨论  64-67
第五章进一步研究的设想  67-68
参考文献  68-80
附录  80-89
致谢  89-90
原创性声明  90

蛋白质组学中的生物信息学研究

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