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大黄鱼人工养殖和雌核发育群体的微卫星标记分析

作　者: 叶小军
导　师: 王志勇
学　校: 集美大学
专　业: 水产养殖学
关键词: 大黄鱼 微卫星 遗传多样性 养殖群体 雌核发育
分类号: S917.4
类　型: 硕士论文
年　份: 2008年
下　载: 126次
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内容摘要


本文以微卫星标记技术为手段,对福建沿海5个大黄鱼(Pseudosciaena crocea)人工养殖群体的遗传多样性进行比较分析;对同一群体中生长速度不同个体的基因杂合度、不同基因座位的等位基因及基因型与生长性状的相关性进行研究;同时对大黄鱼异质雌核发育一代群体(meio-G1)与二代群体(meio-G2)微卫星位点的纯合度进行分析,研究异质雌核发育对大黄鱼基因纯化的效率。主要结果如下:1、通过16个高多态性的微卫星标记对福建沿海5个大黄鱼人工养殖群体的遗传多样性进行分析。结果显示:16个微卫星位点共扩增出83个等位基因,每个位点扩增出的等位基因数2~11个不等,所有位点均表现出多态性,多态位点比率达到100%。5个群体的平均等位基因数A分别为4.9(霞浦群体,XP)、5.1(连江群体,LJ)、4.9(罗源群体,LY)、4.5(宁德群体,ND)和5.0(福鼎群体,FD),平均有效等位基因数Ne分别为3.34(XP)、3.43(LJ)、3.32(LY)、2.92(ND)、3.41(FD),平均观察杂合度Ho分别为0.768(XP)、0.760(LJ)、0.748(LY)、0.665(ND)和0.793(FD),平均期望杂合度He分别为0.679(XP)、0.691(LJ)、0.678(LY)、0.633(ND)和0.684(FD),平均多态信息含量PIC分别为0.616(XP)、0.628(LJ)、0.616(LY)、0.571(ND)和0.621(FD)。遗传分化系数Fst值为0.0113~0.0336,表明群体间的遗传分化程度不高。基因型Hardy-Weinberg平衡卡方检验的P值显示,5个群体均一定程度上偏离了平衡。同时对5个群体的Nei氏标准遗传距离进行了估算,并用UPGMA方法对5个群体进行了亲缘关系聚类。2、用10个微卫星标记对同一群体中快速生长(极大个体)和缓慢生长(极小个体)两型大黄鱼共119个个体进行分析,统计每个个体的基因杂合度,并分析与生长性状的相关性,结果显示:个体基因杂合度与大黄鱼的体重和体长的相关性均不显著。利用SPSS程序下的ANOVA对10个微卫星位点的等位基因和基因型与大黄鱼体重和体长的关系进行方差分析,结果发现有7个位点(LYC0004、LYC0008、LYC0011、LYC0013、LYC0015、LYC0027 and LYC0036)的等位基因或基因型对大黄鱼生长性状存在显著或极显著影响,同时,在这些位点上找到对生长性状有利的等位基因及基因型。3、通过对大黄鱼异质雌核发育一代群体(meio-G1)与二代群体(meio-G2)微卫星位点的纯合度进行分析,研究异质雌核发育对大黄鱼基因纯化的效率。结果显示:meio-G1和meio-G2 15个微卫星座位的平均纯合度分别为0.661和0.803,纯合位点比例最高个体分别为0.867(13/15)和0.933(14/15),两个群体内个体间的平均相似系数分别为0.5903和0.8672,最高分别达0.9286和1.0(遗传距离为0.0741和0),远高于两性交配繁殖群体(平均纯合度0.376,平均相似系数0.4687,个体间最小遗传距离0.2288);其中meio-G2群体有7个位点(46.7%)已经完全纯合固定,并与普通养殖群体产生较明显的遗传分化;表明人工诱导异质雌核发育可大大加速大黄鱼(大多数)基因位点的纯合,是快速建立高纯品系的有效手段。但不同位点的纯合度差异很大,部分位点在异质雌核发育后代中迅速纯合,在meio-G1中就达到很高的纯合度,而有些位点则在meio-G1和meio-G2中仍保持很高的杂合度;meio-G1和meio-G2群体中不同个体纯合位点比例差异也很大。因此,为促使这些位点纯合,需要诱导同质雌核发育,或者借助分子标记从异质雌核发育及其人工转性群体中选择纯合的个体进行交配。

全文目录


摘要  4-6
Abstract  6-11
第一章 引言  11-20
  1.1 大黄鱼  11-13
    1.1.1 大黄鱼的分类地位、地理分布、生活习性及经济价值  11
    1.1.2 大黄鱼的资源状况  11-12
    1.1.3 大黄鱼的养殖现状  12-13
    1.1.4 大黄鱼分子标记技术研究进展  13
  1.2 微卫星标记及其在鱼类遗传育种中的应用  13-17
    1.2.1 微卫星标记的起源、多态性形成机理、分布及优缺点  13-15
    1.2.2 微卫星分子标记技术分析流程  15-16
    1.2.3 微卫星标记在鱼类遗传育种中的应用  16-17
  1.3 鱼类人工雌核发育技术及其研究进展  17-19
    1.3.1 鱼类人工雌核发育的诱导  17-18
    1.3.2 雌核发育的鉴定  18
    1.3.3 人工雌核生殖的应用  18-19
  1.4 本文的研究内容、目的和意义  19-20
第二章 福建沿海大黄鱼人工养殖群体遗传多样性的微卫星标记分析  20-33
  2.1 材料与方法  20-27
    2.1.1 实验材料  20-21
    2.1.2 仪器和试剂  21-23
    2.1.3 基因组DNA 的提取及检测  23-24
    2.1.4 聚合酶链式(PCR)反应  24
    2.1.5 变性聚丙烯酰胺凝胶电泳  24
    2.1.6 固定、银染、显色  24-25
    2.1.7 数据分析  25-27
  2.2 结果  27-31
    2.2.1 电泳结果  27-28
    2.2.2 群体遗传多样性  28-29
    2.2.3 群体间的遗传分化  29-31
  2.3 讨论  31-33
第三章 不同生长速度大黄鱼的微卫星标记分析  33-47
  3.1 材料与方法  33-35
    3.1.1 样品收集与表型数据测量  33
    3.1.2 基因组DNA 的提取  33
    3.1.3 聚合酶链式(PCR)反应  33
    3.1.4 数据分析  33-35
  3.2 结果  35-45
    3.2.1 遗传多样性  35-37
    3.2.2 个体基因杂合度与生长性状的相关分析  37-38
    3.2.3 标记-性状连锁分析与多重比较  38-45
  3.3 讨论  45-47
第四章 大黄鱼连续两代人工雌核发育群体的微卫星标记分析  47-58
  4.1 材料与方法  47-50
    4.1.1 雌核发育群体的培育与样品采集  47
    4.1.2 基因组DNA 的提取  47-48
    4.1.3 PCR 反应及电泳  48
    4.1.4 数据分析  48-50
  4.2 结果  50-55
    4.2.1 基因纯合度和个体间的相似度  50-52
    4.2.2 不同位点的纯合度  52-54
    4.2.3 群体间的遗传分化  54-55
  4.3 讨论  55-58
第五章 结论  58-59
致谢  59-60
参考文献  60-69
在学期间发表的学术论文目录  69

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中图分类: > 农业科学 > 水产、渔业 > 水产基础科学 > 水产生物学 > 水产动物学
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