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用SSR标记分析柿属种质资源的遗传多样性

作　者: 耿攀
导　师: 杨勇
学　校: 西北农林科技大学
专　业: 园艺植物种质资源学
关键词: 柿属植物种质资源 SSR标记遗传多样性
分类号: S665.2
类　型: 硕士论文
年　份: 2010年
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内容摘要

柿(Diospyros kaki Thunb.)系柿树科(Ebenaceae)柿属(Diospyros L.)植物,中国柿子资源十分丰富,品种有1000多个(杨勇和唐志鹏2005)。这些丰富的资源为柿属植物的遗传改良和新品种培育提供了丰富的材料。但由于受研究手段和条件的限制,对柿种质资源还缺乏深人、全面的研究和了解。我国现有的很多资源的遗传背景都不清楚,为了更好的研究和利用这些资源,就得开发出进行种质分析的有效工具(阮小凤2005)。近年来,作为揭示DNA水平差异的分子标记技术得到了广泛应用。他们包括两大类:第一类:不基于PCR反应的RFLP;第二类:基于PCR反应的RAPD、AFLP、SSR、SNP等(王志林2001)。而SSR以简便、稳定等特点广泛应用于育种、品种鉴定、亲缘关系分析及种质起源与进化研究中(王万双等1998)。SSR技术由于具有丰富的多态性和共显性遗传等特点和其他分子标记一起广泛地被应用于遗传图谱的构(P.Kumar,V et al 2009),拟南芥(Brandes A 1997)、如玉米(Senior M L 1996)、番茄(Areshchenkova T et al 1999)、辣椒(罗玉娣等2006)、哈密瓜(陆芳等2009)、小白菜(王笑一等2008)。目前,SSR已经被应用于多种植物的遗传多样性研究(Areshchenkova T 1999;唐志鹏等2005:53)。分子标记在柿属植物上的研究相对较少,SSR、ISSR等分子标记方法在柿属植物的应用才刚刚开始(唐志鹏等2005:54),选择的柿资源数量不多,一些种的种下不同类型涉及较少。本研究以柿属7个种或变种的种质资源为研究对象,每个种下都有数量不等的基因型,以期通过SSR分子标记方法对它们的亲缘关系及遗传多样性进行分析,为更加有效地利用这些种质资源提供分子水平上的依据。本实验应用SSR分子标记技术,以柿属7个种的48份材料,对它们进行遗传多样性分析,获得了以下主要结果:1.建立了柿基因组DNA快速提取的CTAB技术,比较了柿子嫩芽、嫩叶、果实、老叶、枝条等不同材料提取DNA,结果表明,嫩芽和嫩叶提取DNA质量最高。2.通过对30对SSR引物的筛选,获得了17对多态性引物,条带清晰稳定,能将48份材料区分开来。3.通过反应体系的优化,建立了适宜于柿遗传多样性鉴定的SSR反应体系。PCR扩增在eppendorf PCR上进行。采用20μL的PCR反应体系,包括20 ng模板DNA,1 U TaKaLa Taq,1×buffer,1.5 mM MgCl2, 0.2 mM dNTP,10 pmol SSR Primer。PCR反应程序为:94℃预变性4 min,94℃变性1 min;退火1min;72℃延伸2 min,35循环,在72℃最后延伸5 min后于4℃保存。4.建立了扩增产物的银染方法,用聚丙烯酰胺变性凝胶在1600 V的电压下电泳,用硝酸银染色,无水碳酸钠显色。5.通过NTSYS-pc2.10e软件对SSR数据进行聚类分析,获得了柿种质资源的遗传图谱,分析品种之间的亲缘关系,并和田间分析方法进行比较。把48份柿子材料分为4类,同个种的柿种质资源基本聚在一起,说明SSR标记区分柿种质是可行的,是研究柿种质资源遗传多样性的有效手段。

全文目录

摘要  6-8
ABSTRACT  8-12
第一章文献综述  12-19
  1.1 中国柿种质资源的现状  12-14
    1.1.1 我国柿种质资源的生产利用现状  12
    1.1.2 柿种质资源的分类和育种现状  12-13
    1.1.3 柿种质资源的分子标记现状  13-14
  1.2 分子标记的发展和分类  14-15
  1.3 常用分子标记在农作物的研究进展  15-17
    1.3.1 品种鉴定和分类  15
    1.3.2 遗传多样性分析  15-16
    1.3.3 连锁图谱的构建  16
    1.3.4 基因标记  16-17
  1.4 SSR 分子标记技术的研究进展  17-18
  1.5 研究的目的和意义  18-19
第二章材料与方法  19-25
  2.1 材料  19-22
    2.1.1 植物材料  19-20
    2.1.2 试剂和仪器  20-22
  2.2 实验方法  22-25
    2.2.1 DNA 提取与分离  22-23
    2.2.2 PCR 扩增  23
    2.2.3 制胶、电泳及银染步骤  23-24
    2.2.4 数据统计  24-25
第三章结果与分析  25-33
  3.1 不同组织DNA 提取质量的比较  25
  3.2 CTAB 法提取的柿DNA  25-26
  3.3 SSR 多态性分析  26-30
  3.4 遗传相似性分析  30
  3.5 聚类分析  30-33
第四章讨论  33-36
  4.1 分析不同材料提取DNA 的差异  33
  4.2 柿属植物种质资源的SSR 标记遗传多样性分析  33
  4.3 柿种质资源之间的亲缘关系分析  33-36
参考文献  36-43
致谢  43-44
作者简介  44

用SSR标记分析柿属种质资源的遗传多样性

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