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启东肝癌高发区乙型肝炎病毒前C/C区变异与肝癌发生关系的研究

作　者: 朱宇
导　师: 李锦军；屠红
学　校: 复旦大学
专　业: 病原生物学
关键词: 乙型肝炎病毒全基因前C/C基因突变肝细胞癌
分类号: R735.7
类　型: 硕士论文
年　份: 2010年
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内容摘要

江苏启东是世界著名的肝癌高发区。乙型肝炎病毒(hepatitis B virus, HBV)感染和黄曲霉毒素暴露是导致启东肝癌发生的两大主要原因。虽然日益增多的研究表明,HBV的生物学特性(包括基因型、血清型及基因变异等)与病毒感染后的临床进展密切相关,但迄今为止,有关启东肝癌高发区HBV流行毒株的基因组特征及变异与肝癌的关系还研究甚少。本研究从HBV全基因分析入手,筛选潜在肝癌相关突变位点并对一些突变位点进行验证,旨在探讨病毒变异与启东肝癌发生的关系。第一部分启东肝癌高发区乙型肝炎病毒全基因分析目的：获得启东肝癌高发区乙型肝炎病毒流行毒株的全基因序列,并进行基因型鉴定；在HBV全基因范围内筛选新的肝癌相关突变位点。方法：以蛋白酶K消化/酚-氯仿-异戊醇法提取血清HBV DNA。应用聚合酶链反应(PCR)方法,从20例肝癌和35例非肝癌患者血清中扩增HBV全基因序列,克隆至T载体,直接测序。另外,对4例肝癌患者肝癌发生前后血清HBV进行相应检测。以MEGA4.1软件构建的系统进化树判断HBV的基因型；以Bioedit软件对序列进行突变分析,在全基因范围内筛选与肝癌发生相关的突变位点。应用SPSS12.0统计软件进行相关统计分析。结果：55例HBV全基因序列分型结果显示,47例(85.5%)为C2型病毒,仅有8例(14.5%)为B2型病毒；在20例肝癌和35例非肝癌中,B2、C2基因型的分布并无差异(P>0.05)。全基因序列比对结果显示,肝癌患者HBV全基因平均核苷酸突变率显著高于非肝癌患者(0.0150±0.0037vs.0.0110±0.0047,P<0.01),其中,肝癌患者HBV前S2基因(P=0.017)、X基因(P<0.001)、前C/C基因(P=0.001)及P基因(P=0.013)的核苷酸平均突变率分别显著高于非肝癌患者；HBV前S区缺失、前S2区启动子突变、位于前S2基因的T53C突变、位于S基因T766A突变,位于X基因的G1613A、C1653T、A1762T和G1764A突变,以及位于前C/C基因的G1899A、C2002T、A2159G、A2189C和G2203W(A或T)突变可能与启东地区肝癌发生相关。纵向研究显示HBV热点突变在疾病进展过程中逐渐累积。结论：在启东地区,HBV基因型别与肝癌发生无相关性。我们筛选出了新的HBV潜在肝癌相关突变,其中T53C、T766A、G1613A、G1899A、C2002T、A2159G、A2189C和G2203W(A或T)突变与肝癌相关的报道较少。这些HBV热点突变在疾病进展过程中逐渐累积,可能于癌前特定时间发生、发挥不同的作用。我们的研究结果,为启东地区HBV异质性与肝癌发生关系的研究奠定了基础。第二部分启东地区乙型肝炎病毒前C/C区变异分析目的：根据全基因序列分析结果,验证HBV前C/C区突变与肝癌发生的关系。方法：以蛋白酶K消化/酚-氯仿-异戊醇法提取血清HBV DNA。应用聚合酶链反应(PCR)方法,对103例肝癌患者及103例年龄、性别匹配肝炎患者血清HBV前C/C区序列进行扩增。PCR产物直接测序。另外,对13例肝癌患者肝癌发生前后血清HBV前C/C区进行相应检测。以MEGA4.1软件构建的系统进化树判断HBV的基因型；以Bioedit软件对序列进行突变分析。应用商品化HBeAg诊断试剂盒检测对患者血清HBeAg进行检测。应用SPSS12.0统计软件进行相关统计分析。结果：单因素分析结果显示,HBV前C/C区G1899A、A2159G、A2189C和G2203W突变与启东地区肝癌高发紧密相关。多因素分析结果表明,G1899A(OR,6.313；95%CI,2.067-19.283；P=0.001)、A2189C(OR,4.251；95%CI,1.621-11.151；P=0.003)和G2203W突变(OR,8.837；95%CI,1.009-77.428；P=0.049)是启东地区肝癌发生的独立危险因素。纵向结果提示,前C基因G1899A突变在肝癌发展过程中逐渐累积,1896位可出现回复突变；C基因2159位、2189位虽然在肝癌发展过程中也会出现回复突变,但其突变状态在癌前2-4年至肝癌发生既已基本保持不变。结论：HBV前C/C区G1899A、A2189C、G2203W突变是启东地区肝癌发生的独立危险因素。在疾病发展过程中,G1899A有累积作用。第三部分启东地区肝癌组织与癌旁组织乙型肝炎病毒核心蛋白变异分析目的：探讨HBV核心蛋白在肝癌组织及癌旁组织中的变异特征。方法：以蛋白酶K消化/酚-氯仿-异戊醇法提取肝癌组织及癌旁组织基因组DNA。应用聚合酶链反应(PCR)方法,对98例患者肝癌组织HBV前C/C区序列nt.1901-2365进行扩增,产物直接测序。另外,对其中33例患者的癌旁组织HBV前C/C区序列进行相应检测。以MEGA4.1软件构建的系统进化树判断HBV的基因型；以Bioedit软件对序列进行突变分析。应用SPSS12.0统计软件进行相关统计分析。结果：肝癌组织HBV核心蛋白变异呈簇分布,主要集中在：aa.21-38 (mutation cluster region 1,MCR1), aa.59-63 (MCR2), aa.83-87(MCR3), aa.95-104(MCR4), aa.130-135 (MCR5)和aa.151-155 (MCR6);其中最易发生突变的7个位点依次为氨基酸第130位(38.8%)、97位(37.8%)、87位(23.5%)、135位(14.3%)、27位(14.3%)、100位(11.2%)和第5位(10.2%)；在98例患者中,有7例为缺失株,其缺失范围均包括aa.84-97缺失。33对肝癌/癌旁配对组织检测结果显示,癌旁组织核心蛋白的氨基酸平均突变率为0.0217±0.0163个突变/氨基酸,显著高于肝癌组织(0.0141±0.0112个突变/氨基酸,P=0.03)。尤其是癌旁组织HBV核心蛋白aa.39-58及aa.64-82,平均突变率分别显著高于肝癌组织HBV(P值分别为0.028和0.006)。结论：肝癌组织HBV核心蛋白变突变呈非随机分布。癌旁组织HBV核心蛋白aa.39-58及aa.64-82突变率显著高于肝癌组织,可能与肝癌进展呈负相关。

全文目录

主要英文缩略词表  4-5
摘要  5-8
ABSTRACT  8-12
前言  12-14
第一部分启东肝癌高发区乙型肝炎病毒全基因分析  14-32
  材料与方法  14-22
  结果  22-29
  讨论  29-32
第二部分启东地区乙型肝炎病毒前C/C区变异分析  32-46
  材料与方法  33-35
  结果  35-43
  讨论  43-46
第三部分启东地区肝癌组织与癌旁组织乙型肝炎病毒核心蛋白变异分析  46-57
  材料与方法  46-50
  结果  50-54
  讨论  54-57
总结  57-58
参考文献  58-65
综述  65-78
  参考文献  72-78
硕士研究生期间发表文章及申请专利  78-79
致谢  79-80

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