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新疆卡波氏肉瘤组织内人类疱疹病毒8型K1基因型的分析

作　者: 王晓东
导　师: 惠艳
学　校: 新疆医科大学
专　业: 皮肤病与性病学
关键词: 人类疱疹病毒8型基因型卡波氏肉瘤系统进化树
分类号: R730.4
类　型: 硕士论文
年　份: 2009年
下　载: 33次
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内容摘要

目的:了解新疆卡波氏肉瘤(Kaposi’s Sarcoma, KS)患者中人类疱疹病毒8型(human herpesvirus 8, HHV-8)基因型特征及分布情况,并初步探索其与KS临床特征可能的相关性和演变特点。方法:对11例本地KS冰冻标本进行组织基因组DNA抽提,以β-actin为内参进行基因组DNA质量鉴定,应用巢氏PCR扩增K1基因,并将K1基因PCR产物纯化。双向测序后运用DNAMAN、Mega3.0软件、phylip23.63等生物信息学软件及程序对HHV-8 DNA序列进行了编辑、翻译、氨基酸序列比对以及绘制系统进化树和系统发生学分析,确定HHV-8基因型和分布特征。结果:11例本地的KS标本中A、C基因型分别为3和8例,其中A5和C7亚型是国内首次分离出。基因型分布呈成簇聚集和来源一致的特点。AIDS-KS和经典型KS临床表现不同但HHV-8基因型可一致。结论:新疆KS患者HHV-8基因型以A和C为主,并出现A5和C7亚型,与非洲和欧洲来源毒株的同源性很高,可能与本地少数民族种族起源相关。本研究初步提示HHV-8基因型与病灶分布和形态、病程及HIV协同感染等临床信息有相关性趋势,由于纳入标本较少,仅有构成比差异,因此上述结论需要进一步扩大样本量予以确证。

全文目录

摘要  7-8
ABSTRACT  8-9
前言  9-12
材料和方法  12-21
  1. 材料  12-13
    1.1 组织标本的收集  12
    1.2 主要试剂来源  12
    1.3 实验溶液配制  12
    1.4 主要的实验仪器设备  12-13
  2. 方法  13-21
    2.1 病毒DAN 提取  13-14
    2.2 β-actin 鉴定基因组DNA 质量  14-15
    2.3 巢氏PCR 扩增  15-17
    2.4 基因序列分析  17
    2.5 参照的核苷酸序列GeneBank 编码  17-18
    2.6 部分标本对比株的具体信息  18-21
结果  21-27
讨论  27-32
小结  32-33
致谢  33-34
参考文献  34-39
综述  39-45
攻读硕士学位期间发表的学术论文  45-46
导师评阅表  46

新疆卡波氏肉瘤组织内人类疱疹病毒8型K1基因型的分析

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