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猪SLA-DRA基因多态性及其与仔猪腹泻的关联分析

作　者: 杨巧丽
导　师: 滚双宝
学　校: 甘肃农业大学
专　业: 动物遗传育种与繁殖
关键词: SLA-DRA基因 PCR-SSCP 多态性仔猪腹泻关联分析标记辅助选择
分类号: S858.28
类　型: 硕士论文
年　份: 2013年
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内容摘要

基于仔猪腹泻病对养猪生产的严重威胁及SLA（Swine LymphocyteAntigen）II类基因在动物体免疫系统中的重要功能，本研究采用PCR-SSCP结合克隆测序技术对大白、长白和杜洛克3个品种猪SLA-DRA基因4个外显子进行了多态性检测，并分析了其与仔猪腹泻的关联性，以期为猪的抗病育种研究提供一些基本的理论依据。获得的主要研究结果如下：1.3个品种猪的SLA-DRA基因外显子3位点未检测到多态性；外显子1和外显子2位点分别存在3个和2个核苷酸变异位点，均形成了6种基因型（AA、AB、BB、AC、CC和BC）和3个等位基因（A、B和C）；外显子4位点存在6个核苷酸变异位点，形成了7种基因型（AA、AB、BB、BC、BD、CE和CF）和6个等位的基因（A～F）。2.发现了5个新的猪SLA-DRA基因突变位点（c.178G>A，c.211T>C，c.4081T>C，c.4184A>G和c.4293G>A），形成的新等位基因序列（SLA-DRA*E1a、SLA-DRA*E1b、SLA-DRA*E4e和SLA-DRA*E4f）已提交GenBank（获得登录号：JX135565～JX135568）。3. SLA-DRA基因外显子4位点杜洛克猪的He和PIC最低，均为0.19，其遗传变异程度最小，为低度多态，其余各位点不同品种猪的He和PIC值分别在0.4～0.59、0.51～0.67之间，为中度和高度多态，遗传多样性丰富。4. χ2检验显示，杜洛克猪与大白猪和长白猪的基因型分布在3个位点均差异极显著（P<0.01）。在外显子1位点大白猪和杜洛克猪处于Hard-Weinberg平衡状态（P<0.05），而长白猪偏离平衡状态（P>0.05）；在外显子2位点，3个群体都处于Hard-Weinberg平衡状态（P<0.05）；外显子4位点3个群体均显著偏离Hardy-Weinberg平衡（P>0.05）。5.多态性与仔猪腹泻的关联分析表明，品种和性别在3个位点对仔猪腹泻影响均不显著（P>0.05），基因型对仔猪腹泻评分具有一定的影响。在外显子1位点，BC基因型个体的腹泻评分显著高于AA、AB、AC和CC基因型个体（P<0.05），AC基因型个体腹泻评分显著高于CC基因型个体（P<0.05）；在外显子2位点，AA和BB基因型个体的腹泻评分显著高于AC和CC基因型（P<0.05）；在外显子4位点，AA基因型个体的腹泻评分显著高于AB和BB基因型（P<0.05）。说明了SLA-DRA基因对仔猪腹泻有着重要影响，这为确立猪分子育种应用的分子标记提供了基本的理论依据。

全文目录

摘要  4-6
Summary  6-11
第一章文献综述  11-23
  1 仔猪腹泻  11-12
  2 猪MHC（SLA）概述  12-22
    2.1 SLA的定位及其结构  13
    2.2 SLA-DRA基因的PCR扩增  13-15
      2.2.1 SLA I类基因  13-14
      2.2.2 SLA II类基因  14-15
      2.2.3 SLA III类基因  15
    2.3 SLA的遗传特征  15-17
    2.4 SLA的生物学功能  17-18
    2.5 SLA II类基因研究进展  18-22
      2.5.1 SLA II类基因多态性研究  18-21
      2.5.2 SLA II基因与抗病性研究  21-22
  3 本研究的目的及意义  22-23
第二章材料和方法  23-35
  1 试验材料  23-26
    1.1 材料来源和数据收集  23
      1.1.1 材料来源  23
      1.1.2 数据采集  23
    1.2 主要仪器设备  23-24
    1.3 主要试剂  24
    1.4 主要溶液及试剂的配制  24-26
  2 实验方法  26-33
    2.1 基因组DNA的提取和检测  26-28
      2.1.1 基因组DNA的提取  26-27
      2.1.2 基因组DNA的琼脂糖凝胶电泳检测  27-28
      2.1.3 基因组DNA的分光光度计检测  28
    2.2 SLA-DRA基因的PCR扩增  28-30
      2.2.1 引物设计  28-29
      2.2.2 稀释引物  29
      2.2.3 最佳PCR反应体系及扩增条件  29
      2.2.4 PCR扩增产物检测  29-30
    2.3 扩增产物的PCR-SSCP分析  30-31
    2.4 SLA-DRA 基因的克隆测序  31-33
      2.4.1 目的产物的纯化、回收  31-32
      2.4.2 感受态细胞的制备  32
      2.4.3 连接反应  32
      2.4.4 转化  32-33
      2.4.5 单菌落的筛选、鉴定及测序  33
  3 统计分析方法  33-35
    3.1 序列比对及等位基因确定  33
    3.2 群体遗传分析  33-34
    3.3 多态性与仔猪腹泻的相关性分析  34-35
第三章结果与分析  35-50
  1 基因组DNA检测结果  35-36
  2 SLA-DRA基因PCR-SSCP检测结果  36-39
    2.1 SLA-DRA基因外显子 1 PCR-SSCP检测结果  36-37
      2.1.1 SLA-DRA基因外显子 1 PCR扩增结果  36
      2.1.2 SLA-DRA基因外显子 1 的SSCP检测结果  36-37
    2.2 SLA-DRA基因外显子 2 PCR-SSCP扩增结果  37-38
      2.2.1 SLA-DRA基因外显子 2 PCR扩增结果  37
      2.2.2 SLA-DRA基因外显子 2 的SSCP检测结果  37-38
    2.3 SLA-DRA基因外显子 3 PCR-SSCP检测结果  38-39
      2.3.1 SLA-DRA基因外显子 3 PCR扩增结果  38
      2.3.2 SLA-DRA基因外显子 3 的SSCP检测结果  38-39
    2.4 SLA-DRA基因外显子 4 PCR-SSCP检测结果  39
      2.4.1 SLA-DRA基因外显子 4 PCR扩增结果  39
      2.4.2 SLA-DRA基因外显子 4 的SSCP检测结果  39
  3 SLA-DRA基因测序结果与分析  39-42
    3.1 SLA-DRA基因外显子 1 测序结果与分析  40
    3.2 SLA-DRA基因外显子 2 测序结果与分析  40-41
    3.3 SLA-DRA基因外显子 3 测序结果与分析  41
    3.4 SLA-DRA基因外显子 4 测序结果与分析  41-42
  4 SLA-DRA基因群体遗传分析  42-46
    4.1 SLA-DRA基因多态位点的基因型和等位基因频率及分布  42-46
      4.1.1 SLA-DRA 基因外显子 1 的基因型和等位基因频率及分布  42-44
      4.1.2 SLA-DRA基因外显子 2 的基因型和等位基因频率及分布  44-45
      4.1.3 SLA-DRA基因外显子 4 的基因型和等位基因频率及分布  45-46
    4.2 SLA-DRA基因多态位点的遗传多态性分析  46
  5 SLA-DRA 基因多态性与仔猪腹泻的关联分析  46-50
    5.1 SLA-DRA基因外显子 1 多态性与仔猪腹泻的关联性  46-47
    5.2 SLA-DRA基因外显子 2 多态性与仔猪腹泻的关联性  47-48
    5.3 SLA-DRA 基因外显子 4 多态性与仔猪腹泻的关联性  48-50
第四章讨论  50-55
  1 SLA-DRA基因多态性  50-52
  2 SLA-DRA基因的群体遗传学特性  52-53
  3 SLA-DRA基因与仔猪腹泻的关联性  53-55
第五章结论  55-56
致谢  56-57
参考文献  57-66
作者简介  66-67
导师简介  67-68

猪SLA-DRA基因多态性及其与仔猪腹泻的关联分析

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