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马鹿鹿茸软骨组织转录组SNP与DIP分析

作　者: 石睿
导　师: 刘学东; 郑冬
学　校: 东北林业大学
专　业: 野生动植物保护与利用
关键词: DNA测序单核苷酸多态性插入和缺失多态性第二代测序技术马鹿鹿茸转录组
分类号: S829.9
类　型: 硕士论文
年　份: 2012年
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内容摘要

本文利用第二代高通量测序技术对马鹿鹿茸软骨组织转录组完成测序并对测序结果进行了数据分析。论文对测序读段进行了参考装配(reference assembly)和新序列装配(De novo assembly),并根据quality分值对重叠群片段(contig)进行了筛选,同时完成了对SNP检测。通过装配共得到110402个contig,其中有33771个具有SNP位点；SNP位点总数为597883个,其中通过reference assembly检测到SNP位点596233个,通过De novo assembly检测到SNP位点1650个；另外我们还进行了DIP检测,分别检测1-5个碱基的缺失和插入,共得到14794处DIP位点。

全文目录

摘要  4-5
Abstract  5-8
1 绪论  8-17
  1.1 转录组及其研究方法  8-9
  1.2 第二代测序技术(高通量测序技术)  9-12
    1.2.1 Illumina测序仪  9-10
    1.2.2 Genome Analyzer基本原理  10-11
    1.2.3 Genome Analyzer技术优势  11
    1.2.4 第二代测序的应用  11-12
  1.3 单核苷酸多态性(SNP)及其研究方法  12-14
    1.3.1 SNP的基本特性  12
    1.3.2 SNP的研究意义  12-13
    1.3.3 SNP的检测方法  13-14
  1.4 鹿茸角的生长机制及研究现状  14-17
    1.4.1 鹿茸角的再生概述  14-15
    1.4.2 鹿茸再生的调控机制  15-17
2 实验部分  17-21
  2.1 实验材料和设备  17
  2.2 鹿茸RNA提取  17-18
    2.2.1 RNA质量紫外分光检测  17-18
  2.3 RNA-seq技术实验流程  18-21
    2.3.1 基于Genome Analyzer技术的NGS测序  18-19
    2.3.2 测序结果的后期数据处理  19
    2.3.3 原始数据的装配  19-20
    2.3.4 序列测序结果的SNP和DIP分析  20-21
3 实验结果  21-29
  3.1 测序样品RNA电泳结果  21
  3.2 Reads进行Reference(参考序列)装配结果  21-22
  3.3 Reads进行De novo(自体)装配结果  22
  3.4 SNP检测结果数据统计  22
  3.5 Reference assembly(参考序列装配)检测到的前200位个SNP  22
  3.6 Reference assembly(参考序列装配)SNP统计学分析  22-24
  3.7 De novo assembly(自体装配)中检测到的前200位SNP  24
  3.8 De novo assembly(自体装配)结果中SNP统计学分析  24-26
  3.9 多位点DIP(deletion-insertion polymorphisms)检测结果分析  26-27
  3.10 单位点DIP(deletion-insertion polymorphisms)检测结果分析  27-29
4 讨论  29-32
  4.1 RNA样品制备过程  29
  4.2 测序结果数据处理  29-30
  4.3 检测结果分析  30-32
结论  32-33
参考文献  33-38
附录  38-55
攻读学位期间发表的学术论文  55-56
致谢  56-57

马鹿鹿茸软骨组织转录组SNP与DIP分析

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