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三种鳄线粒体基因组及鳄类系统发生关系研究

作　者: 张曼
导　师: 吴孝兵
学　校: 安徽师范大学
专　业: 动物学
关键词: 鳄类线粒体基因组系统发生
分类号: Q75
类　型: 硕士论文
年　份: 2011年
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内容摘要

本文利用PCR方法扩增测序得到美洲鳄（Crocodylus acutus）、新几内亚鳄（Crocodylus novaeguineae）和奥利诺科鳄（Crocodylus intermedius）的线粒体基因组全序列,其基因组大小分别为:16, 883bp、16, 894bp和16, 828bp,与其他鳄类的线粒体基因组的基因组成和排列顺序相一致。整个基因组由22个tRNA,2个rRNA和13个蛋白编码基因及一个非编码的控制区所组成,相比于典型脊椎动物线粒体的结构而言,仅出现了两个tRNA基因重排:即在鳄类mtDNA中tRNA^Phe转移到tRNA^Pro的3’端,同时tRNA^Ser（AGY）和tRNA^His基因的位置发生了互换。基于12个重链上编码的蛋白基因序列,运用最大似然法和贝叶斯法重建系统树,对共19种鳄的系统发生关系进行了进一步的探讨,不仅讨论了鳄类科、属间的关系,对传统鳄属内的系统发生也做了相应的分析。研究结果支持现存鳄目聚为两支,即鼍科和鳄科。支持将传统食鱼鳄科的食鱼鳄（Gavialis gangeticus）并入鳄科,并作为鳄科中的一个属,与假食鱼鳄属构成姐妹群关系;鳄科中非洲窄吻鳄（Crocodylus cataphractus）应从鳄属中独立出来,重建长吻鳄属Mecistops。因此,可将鳄科内的属间亲缘关系表示为（（食鱼鳄属+假食鱼鳄属）+（鳄属+（长吻鳄属+骨喉鳄属）））。鼍科内,古鳄属与凯门鳄属构成姐妹群。在鳄属内,结果支持其分为两个世系:New World和Indopacific groups组,并且尼罗鳄（C. niloticus）与New World crocodilians构成姐妹群。

全文目录

摘要  5-6
Abstract  6-8
第一章简述现存鳄类的分子系统关系  8-23
  1.1 引言  8
  1.2 应用于鳄类分子系统关系研究中的方法、数据  8-11
    1.2.1 形态学数据  8-9
    1.2.2 DNA、氨基酸序列等分子数据  9-10
    1.2.3 其他数据  10-11
  1.3 鳄类系统发生关系的研究进展  11-17
    1.3.1 科级水平上的系统分类分歧  11-12
    1.3.2 鼍科内的系统发生  12-13
    1.3.3 鳄科内、假食鱼鳄与食鱼鳄的系统发生  13-15
    1.3.4 鳄属内的系统发生分析  15-17
  参考文献  17-23
第二章三种鳄线粒体基因组结构及分析  23-40
  2.1 引言  23-24
  2.2 材料与方法  24-27
    2.2.1 鳄类总DNA的提取及线粒体基因组的分离  24
    2.2.2 引物设计，PCR 扩增与序列测定  24-26
    2.2.3 序列分析  26-27
  2.3 结果  27-34
    2.3.1 鳄类线粒体基因组结构  27-32
    2.3.2 蛋白编码基因和密码子  32
    2.3.3 tRNA和rRNA基因特征  32-33
    2.3.4 非编码序列  33-34
  2.4 讨论  34-36
  参考文献  36-40
第三章基于蛋白编码基因探讨鳄类鳄属内系统发生关系  40-52
  3.1 引言  40-41
  3.2 材料与方法  41-43
    3.2.1 线粒体DNA的提取、测序及相关序列分析  41
    3.2.2 线粒体DNA的蛋白编码基因序列数据  41-42
    3.2.3 系统发生分析  42-43
  3.3 结果  43-45
  3.4 讨论  45-47
    3.4.1 鳄类科间、属间系统关系  45-46
    3.4.2 鳄属内物种间的相互关系  46-47
  参考文献  47-52
致谢  52-53
附录：硕士在读期间发表论文及获奖情况  53

三种鳄线粒体基因组及鳄类系统发生关系研究

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