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定量焦测序技术在临床唐氏综合征诊断中的应用研究

作　者: 刘夕群
导　师: 周国华
学　校: 南京医科大学
专　业: 药理学
关键词: 唐氏综合征胎盘特异性RNA 杂合型SNP 焦测序
分类号: R722.1
类　型: 硕士论文
年　份: 2009年
下　载: 28次
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内容摘要

唐氏综合征是新生儿最常见的染色体疾病,以严重先天性智力低下为主要表型特征。此病给社会,家庭带来沉重的精神和经济负担。因此有必要建立一种有效的,经济的,简便的产前诊断方法,用来降低其活产儿的出生率,从而达到优生的目的。正是基于这一目的,本论文建立了一种利用定量焦测序技术检测孕妇血浆中胎盘特异性RNA上的杂合型SNP来实现对唐氏综合征产前无创诊断的方法。通过参考文献,选取了PLAC4,COL6A2,COL6A1三个胎盘特异性mRNA。利用改进的等位基因特异性PCR法筛选这三个mRNA上的杂合型SNP,通过对84例正常中国人基因组样本进行筛查,最后选出6个SNP位点,分别为PLAC4 mRNA上的rs8130833,rs4818219, COL6A2 mRNA上的rs 2839110,rs1042917,rs35548026和COL6A1 mRNA上的rs1053315。6个SNP位点的杂合子覆盖率达到92.9 %。运用这6个SNP位点对10例唐氏综合征患者的样本进行了焦测序定量检测,结果表明10例患者样本中有9例样本的两个基因型比值为2:1或1:2,仅有1例未检出杂合子,检出率为90 %,准确率为100 %。为了证明所选择的mRNA在同源染色体上是同步且同效率转录,以20例正常胎儿胎盘组织DNA和RNA为样本,用等位基因特异性PCR法和焦测序法分别对rs4818219,rs1042917和rs1053315位点做了检测,结果表明这3个位点在DNA上的基因型与在RNA上的基因型完全一致,且RNA上杂合型SNP两个基因型比例均为1:1,由此可以推断所选择的mRNA在两条同源染色体上是同步且同效率转录的。用焦测序检测了15例正常孕妇血浆RNA-SNP以及全血DNA-SNP,结果rs8130833,rs4818219(位于PLAC4基因上),rs1042917,rs35548026(位于COL6A2基因上)四个SNP位点均检测到全血DNA-SNP(代表母亲的基因型)为纯合型而血浆RNA-SNP(代表胎儿基因型)为杂合型的样本,且杂合型RNA-SNP两个基因型比值为1:1,由此证明PLAC4和COL6A2基因在血浆中是胎儿特异性的。由于所做的孕妇血浆样品量较少,针对rs1053315和rs 2839110位点,暂未找到胎儿为杂合型的样品。以上的研究为定量焦测序技术在临床唐氏综合征诊断中的应用奠定了一定的基础。

全文目录

摘要  4-6
Abstract  6-8
前言  8-13
材料和方法  13-25
结果  25-47
讨论  47-51
参考文献  51-53
小结  53-54
综述  54-63
  参考文献  60-63
中英文缩写对照表  63-64
发表论文  64-65
致谢  65

定量焦测序技术在临床唐氏综合征诊断中的应用研究

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