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林木F1代QTL功能作图方法

作　者: 尹辉
导　师: 童春发
学　校: 南京林业大学
专　业: 林木基因组与生物信息学
关键词: 林木功能作图动态性状数量性状基因位点极大似然法 EM算法
分类号: S722
类　型: 硕士论文
年　份: 2010年
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内容摘要

林木QTL作图的统计方法主要是利用为近交群体而发展的QTL作图理论,没有考虑到林木的复杂生物学特性、它们的群体进化史以及多年育种所累积的育种群体,因此不能简单套用近交群体的作图方法,必须建立适合异交群体自身特性的QTL作图方法。本文针对林木二倍体全同胞家系,考虑双亲的QTL基因型为QQ×Qq,Q1Q2×Q1Q2和Q1Q2×Q3Q4的三种情况,将全同胞家系所有的标记分离类型对和连锁相类型考虑到模型中,并将Logistic生长曲线组装到模型中,建立了林木F1代群体的QTL功能作图统计方法,使用EM算法获得模型未知参数向量的极大似然估计。通过随机模拟实验证明,QTL位置以及各个参数估计的均值都与真值比较接近,并且误差均方根都较小,这说明我们的功能作图模型有明显的QTL作图效力。当固定个体性状值向量的维数、遗传力和群体大小中的任何两个因素而提高第三个因素都能改善参数估计的精确度,即降低部分或全部参数的误差均方根。并将林木QTL功能作图的方法应用于一组杨树的实验数据,’共搜索到五个控制性状发育轨迹的QTL。尝试编写林木全同胞家系QTL功能作图软件—FsQtlFunMap 2.0,该软件可进行相关的统计分析和图形绘制,并在计算速度上有明显的优势。

全文目录

致谢  3-4
摘要  4-5
ABSTRACT  5-7
第一章文献综述  7-17
  1.1 QTL作图理论及方法  7-11
    1.1.1 QTL作图理论概述  7-8
    1.1.2 QTL作图的统计方法  8-10
    1.1.3 QTL作图群体  10-11
  1.2 动态性状QTL作图的研究方法和QTL功能作图研究进展  11-16
    1.2.1 动态性状的概念  11
    1.2.2 发育轨迹和Logistic生长曲线  11-12
    1.2.3 遗传控制的动态类型  12-13
    1.2.4 动态性状QTL作图研究方法及其进展  13-15
    1.2.5 QTL功能作图的优势和前景  15-16
  1.3 研究目的及意义  16-17
第二章统计模型  17-28
  2.1 全同胞家系两位点连锁分析  17-22
    2.1.1 全同胞家系标记分离特征  17-20
    2.1.2 连锁相推断及重组率估计  20-22
  2.2 统计方法及算法  22-25
  2.3 假设检验  25-28
第三章模拟研究和实例分析  28-39
  3.1 模拟数据及结果分析  28-34
  3.2 实例分析  34-39
第四章 QTL作图软件概述及开发  39-41
结束语  41-43
参考文献  43-48
附录1 关于∑矩阵的三个定理及证明  48-51
附录2 未知参数向量的极大似然估计  51-56
详细摘要  56-58

林木F1代QTL功能作图方法

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