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普通小麦编码组蛋白H3基因的克隆与分析

作　者: 郑新欣
导　师: 胡英考
学　校: 首都师范大学
专　业: 遗传学
关键词: 小麦 电子克隆 表达序列标签 组蛋白H3
分类号: Q943.2
类　型: 硕士论文
年　份: 2009年
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内容摘要


为了获得具有组织表达特异性和与胁迫相关的小麦组蛋白H3,进一步了解组蛋白H3的功能。本文以拟南芥组蛋白H3的蛋白序列为信息探针,对小麦(Triticum aestivum)EST数据库进行同源检索筛选,克隆了小麦组蛋白H3基因。通过生物信息学的方法对得到的小麦组蛋白H3基因进行分析,分析的内容包括:内含子形式,电子基因表达谱和电子染色体定位。并采用半定量RT-PCR的方法分析了小麦组蛋白H3基因在盐处理下的表达情况。研究结果如下:1小麦组蛋白H3基因的克隆以拟南芥组蛋白H3的蛋白序列为信息探针,BLAST检索GenBank中的小麦EST数据库,获得了小麦组蛋白H3基因的cDNA序列。为了进一步验证电子克隆序列的正确性,在起始密码子和终止密码子区域设计特异引物,经RT-PCR进行克隆、序列分析验证,最终得到7个小麦组蛋白H3基因且与电子克隆序列相一致。经过分析,这7个基因所编码的小麦组蛋白H3可以分为两类:H3.1型和H3.2型。2小麦组蛋白H3基因的生物信息学分析以普通小麦基因组DNA为模板,扩增上述7个基因基因组序列,获得了3个基因的基因组序列,有一个基因含有一个长度为198bp的内含子,该内含子较其它物种类似基因内含子长一些。采用UNIGENE数据库进行的组织表达谱分析表明,克隆的基因组织特异性表达不明显。采用GrainGenes数据库将这7个基因定位于7BL,4AL和7AS染色体上。3小麦组蛋白H3基因在盐胁迫下表达量分析采用半定量RT-PCR的方法,对所获小麦组蛋白H3基因在盐胁迫处理下的表达情况进行了分析,获得了一个随盐处理时间的延长表达量增高的组蛋白H3基因。

全文目录


摘要  4-5
ABSTRACT  5-9
第一部分 文献综述  9-30
  第一章 表达序列标签EST(Expressed Sequence Tags)研究概览  9-16
    1 EST技术的建立及原理  9-10
    2 EST技术的研究内容  10-12
      2.1 分离与鉴定新基因  10-11
      2.2 染色体定位  11
      2.3 制备DNA芯片  11
      2.4 应用于谷类基因组学的研究  11-12
      2.5 利用EST数据库进行电子克隆  12
    3 EST数据库  12
    4 EST技术中常见问题及其对策  12-13
    5 小麦EST的研究现状  13-14
      5.1 构建麦类EST数据库  13-14
      5.2 研究目的  14
      5.3 研究进展  14
    6 EST技术展望  14-16
  第二章 电子克隆研究概览  16-23
    1 电子克隆的概念  16-17
      1.1 电子克隆及其原理  16-17
    2 利用生物信息学进行的电子克隆  17-18
      2.1 基于生物信息学的电子克隆的基本原理  17
      2.2 基于生物信息学的电子克隆的具体步骤  17-18
      2.3 电子克隆技术的优点与弊端  18
    3 基于dbEST进行的电子克隆  18-22
      3.1 基于dbEST的电子克隆的基本原理  18-19
      3.2 基于dbEST的电子克隆的具体步骤  19-20
      3.3 基于dbEST的电子克隆在基因工程中的应用  20-21
      3.4 EST技术进行电子克隆的不足  21-22
    4 电子克隆技术展望  22-23
  第三章 组蛋白的研究现状和研究意义  23-30
    1.组蛋白与染色质  23
    2.组蛋白的分类  23-24
    3.组蛋白密码和应用  24-27
    4.组蛋白H3的类型和特点  27-28
    5.本研究的目的与技术路线  28-30
第二部分 研究报告  30-57
  第四章 小麦组蛋白H3基因的克隆与分析  30-57
    1 材料与方法  30-40
      1.1 数据库和生物软件  30
      1.2 电子克隆的路线和方法  30-31
      1.3 实验克隆  31-40
    2 结果与分析  40-54
      2.1 小麦EST数据库的检索  40-41
      2.2 开放阅读框分析  41
      2.3 小麦叶片总RNA的提取  41-42
      2.4 RT-PCR验证  42-49
      2.6 小麦组蛋白H3的内含子形式  49-51
      2.7 组蛋白H3一级结构预测  51
      2.8 电子基因表达谱分析  51-52
      2.9 基因的染色体定位  52-53
      2.10 小麦组蛋白H3基因在盐处理下表达的半定量分析  53-54
    3 讨论  54-57
      3.1 实验克隆序列可靠性分析  54-55
      3.2 电子基因表达谱分析  55
      3.3 关于半定量RT-PCR  55-57
第三部分 结论  57-58
参考文献  58-65
致谢  65

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中图分类: > 生物科学 > 植物学 > 植物细胞遗传学 > 植物基因工程
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