学位论文 > 优秀研究生学位论文题录展示
全外显子组数据分析研究及在肝细胞肝癌中的相关应用
作 者: 闫瑾
导 师: 任红
学 校: 重庆医科大学
专 业: 内科学
关键词: 全外显子组测序 预处理 变异识别 体细胞突变 肝细胞肝癌
分类号: R735.7
类 型: 硕士论文
年 份: 2013年
下 载: 64次
引 用: 0次
阅 读: 论文下载
内容摘要
目的:利用全外显子组测序技术,可以无偏倚的识别肝细胞肝癌蛋白质编码区中的基因突变。目前利用下一代测序技术研究肝细胞肝癌的报道还较少,并且在原始数据分析中尚无一个标准的分析流程可供参照。因此本研究先比较全外显子组测序分析流程中不同的预处理方法和变异识别方法,再根据比较后的结论构建体细胞突变识别的流程,并在公开的肝细胞肝癌外显子组数据中进行运用。我们试图通过本研究,为将来研究病毒相关性肝癌的突变模式、寻找驱动突变进行前期准备,建立实验框架。方法:1.利用两例全外显子组测序数据,从使用不同的预处理方法(FASTX-Toolkit、Trimmomatic及未做预处理),修饰后不同的不成对读长(Single-end reads,SE)取舍策略,以及两种不同的变异过滤方法(Hard过滤和变异质量得分重校正(variant quality score recalibration,VQSR))三个方面,通过数据覆盖深度(Depth of Coverage, DP)、识别变异的数目、转换/颠换率(Transition/transversion ratio,Ti/Tv)和基因型一致性等特征,比较这些因素对全外显子组变异识别结果影响。2.根据全外显子组数据分析流程,构建肿瘤组织体细胞突变识别流程。我们选择了用于识别体细胞点突变的MuTect程序以及识别体细胞插入和缺失变异的SomaticIndelDetector程序。3.以10组公开的HBV相关肝细胞肝癌癌组织和癌旁正常组织的外显子组测序数据为实验对象,利用已建立的肿瘤组织体细胞突变识别流程对其进行分析,研究其体细胞突变的情况,并用IPA对识别到的突变基因进行功能途径分析。结果:1. Trimmomatic预处理后的读长的测序覆盖深度与未预处理的原始数据接近,但明显高于FASTX-Toolkit预处理方法。当DP≥10×、基因型质量分值(Genotype Quality Score,GQ)≥20时,经Trimmomatic预处理后识别到的单核苷酸变异(single nucleotide variant, SNV)数量比FASTX-Toolkit多,与未预处理组接近。当包含SE读长时,FASTX-Toolkit组多识别出的SNV数量高于(28%)Trimmomatic组(5%)。当样本量较少时,在所有试验组中Hard过滤方法滤掉的SNV要少于VQSR。2. HBV相关肝细胞肝癌未经预处理直接与参考序列比对后,实际平均测序深度为9.76×-19.02×。共识别出926个基因发生了1100个非沉默的体细胞点突变,34个基因发生了34个体细胞性插入和缺失。IPA功能途径分析表明构建的网络与癌症相关,并且与GADD45信号通路(P=5.42E-03)、脂肪酸β氧化III途径(Fatty Acid b-oxidation III)(P=6.31E-03)、乙醇氧化降解途径(Oxidative Ethanol Degradation III)(P=6.85E-03)有关。结论:1. Trimmomatic修饰(过滤)原始序列更‘温和’,而FASTX-Toolkit可能过度过滤了原始数据。保留SE读长有利于下游变异识别。Hard过滤相较于VQSR表现出了更高的容忍度。2.构建了识别肿瘤全外显子组数据中体细胞突变的分析流程,并在10例公开的肝细胞肝癌样本中实现了良好的运行,为进一步分析肝细胞肝癌的遗传突变背景、寻找驱动体细胞突变奠定了方法学基础。
|
全文目录
英汉缩写与名词对照 5-7 摘要 7-10 ABSTRACT 10-13 前言 13-15 第一部分 全外显子组测序分析中预处理方法和变异识别方法的比较 15-28 1 材料与方法 15-19 1.1 样本 15-16 1.2 全外显子组测序分析流程 16-19 1.3 覆盖深度分析 19 2 结果 19-25 2.1 预处理后的读长 19-20 2.2 覆盖深度 20-22 2.3 变异评估 22-25 3 讨论 25-28 第二部分 识别肿瘤体细胞突变流程的构建及在 HBV 相关肝细胞肝癌中的应用24 28-38 1 材料与方法 28-32 1.1 数据来源 28-29 1.2 分析方法 29-32 2 实验结果 32-36 2.1 测序基本信息 32-33 2.2 突变识别 33-34 2.3 IPA 34-36 3 讨论 36-38 全文总结 38-39 参考文献 39-43 文献综述:利用第二代测序技术研究病毒相关性肝细胞肝癌的最新进展 43-51 参考文献 48-51 致谢 51-52 硕士期间发表的论文 52-53
|
相似论文
- 舌图像中瘀斑瘀点检测技术研究,TP391.41
- Cu2+/Co2+催化漂白桉木浆工艺与机理研究,TS745
- 离子液体预处理纤维素及再生纤维素水解研究,TQ352.1
- 核蛋白NDP52与肿瘤坏死因子受体相关因子TRAF6相互作用及临床意义的研究,R363
- 红外图像目标识别及跟踪技术研究,TP391.41
- 化学与生物成因施氏矿物的矿物学特征及其对水中As(Ⅲ)吸附去除效果的研究,X703
- O3高级氧化技术处理黄连素制药废水研究,X787
- 缺氧预处理MSCs移植对心肌梗死区SDF-1/CXCR4轴表达变化的实验研究,R542.22
- 丁苯酞预处理对大鼠脑缺血再灌注损伤的神经保护作用,R743.33
- 迷走神经切断及烟碱预处理对大鼠SIRS影响的初步研究,R363
- 基于医学CT图像的三维重建面绘制算法的研究,TP391.41
- 稻草原料主要组分分离技术的研究,TS721.3
- 指纹图像预处理与增强算法的研究,TP391.41
- 皮肤纹理图像特征的提取与分析,TP391.41
- IL-6和TNF-α与原发性肝细胞肝癌的Meta分析,R735.7
- 压感指纹识别系统关键技术的研究,TP391.41
- 锂离子电池正极材料LiNi0.8Co0.15Al0.05O2的合成与改性,TM912
- 基于计算机视觉的织物疵点检测与分类方法的研究,TP274
- 基于Web数据挖掘的网页优化设计应用研究,TP393.092
- 基于投影寻踪回归的网络异常检测机制研究,TP393.08
- 预处理方式对磷石膏复合水泥耐水性的影响,TQ172.1
中图分类: > 医药、卫生 > 肿瘤学 > 消化系肿瘤 > 肝肿瘤
© 2012 www.xueweilunwen.com
|