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华仁杏品种资源SSR指纹图谱构建研究

作　者: 秦玥
导　师: 傅大立
学　校: 中国林业科学研究院
专　业: 林木遗传育种
关键词: 华仁杏 SSR分子标记标记开发 DNA指纹图谱
分类号: S662.2
类　型: 硕士论文
年　份: 2013年
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内容摘要

华仁杏（Armeniaca cathayana D. L. Fu et al.）是2010年发表一杏属新种，是我国重要的木本粮油树种之一，具有重要的生态、经济、社会效益。华仁杏种质资源丰富形态标记难以区分。植物DNA分子标记技术是对植物基因组的直接探测，不受环境与植物生长发育阶段的影响与限制，故该鉴定方法较形态标记更为科学、准确和便捷。本研究应用SSR分子标记技术，开发华仁杏EST-SSR引物，构建华仁杏种质资源的DNA数字指纹图谱，并对其遗传多样性进行分析。主要研究结果如下：1、利用华仁杏材料对微卫星荧光显带技术进行了优化与完善，发现在琼脂糖凝胶电泳试验中，胶染法较点染法条带更为清晰明亮，并且染色均匀，背景干净，显带效果较佳，同时NaCl溶液具有增强染色的效果；在聚丙烯酰胺凝胶电泳试验中，胶染法和点染法的显带效果并不理想，泡染法效果最佳，并在泡染法的正交试验（L9(34)）中发现，染色时间对显带效果影响达显著水平，在实验范围内泡染时间越长显带效果越佳，另外，最佳处理组合为2X染色剂、10%NaCl、染色40min。2、利用NCBI公共数据库下载所得的蔷薇科EST序列进行华仁杏EST-SSR引物的设计与开发，应用SSRHunter1.3软件对8610条无冗余EST序列进行SSR位点搜索，共获得22527条SSR，SSR出现的频率为4.26%；在SSR位点搜索过程中，只有二核苷酸和三核苷酸两种重复类型，并未出现四、五、六核苷酸重复序列；使用61对设计所得EST-SSR引物进行PCR扩增，其中24对扩增出清晰条带，有效扩增率为39.34%，10对引物具有多态性，多态率为16.39%。3、利用31对SSR引物对63份杏材料进行PCR扩增，共检测到138个多态性片段，构建了63个杏材料的SSR标记数字化DNA指纹图谱；综合杂合度、PIC值、Shannon信息指数等指标对31对SSR多态性引物进行分析与评价，发现引物BPPCT030和aprigms18种质鉴别能力最强，引物Pchgms2多态性较低，鉴别能力较弱。4、对63份杏材料的遗传多样性进行分析，并用非加权组平均法（UPGMA）聚类发现：（1）在相似性系数为0.95处，所有供试材料都可以被区分开。（2）在相似性系数为0.65处可将63份杏材料分成4个大组，大部分华仁杏品种聚类在第二大组；‘新4号’和‘优一’亲缘关系较近，‘N34’和‘N35’关系较近；‘紫杏’、‘御杏’和华仁杏品种‘国仁’、‘N34’、‘N35’和‘丰仁’聚在一起；山杏与华仁杏品种‘11X01’聚在一起；华仁杏品种‘11L09’单独聚为一类。

全文目录

摘要  5-7
Abstract  7-11
表目录  11-12
图目录  12-13
第一章绪论  13-28
  1.1 引言  13-26
    1.1.1 研究背景  13-14
    1.1.2 国内外研究现状及评述  14-26
  1.2 研究目标和主要研究内容  26-28
    1.2.1 关键的科学问题与研究目标  26
    1.2.2 主要研究内容  26-27
    1.2.3 研究技术路线  27-28
第二章微卫星荧光显带技术的优化分析  28-40
  2.1 试验材料与研究方法  28-32
    2.1.1 试验材料及试剂  28-29
    2.1.2 试验方法  29-32
  2.2 结果与分析  32-38
    2.2.1 不同使用方法在琼脂糖凝胶电泳中的显带效果对比  32-33
    2.2.2 琼脂糖凝胶电泳胶染法优化分析  33-34
    2.2.3 琼脂糖凝胶电泳点染法优化分析  34-35
    2.2.4 不同染色方法在聚丙烯酰胺凝胶电泳中显带效果对比分析  35-36
    2.2.5 聚丙烯酰胺凝胶电泳泡染法正交优化分析  36-38
  2.3 小结  38-40
    2.3.1 琼脂糖凝胶电泳中不同染色方法对比  38
    2.3.2 聚丙烯酰胺电泳中不同染色方法对比  38-40
第三章华仁杏 EST-SSR 引物开发  40-47
  3.1 试验材料与方法  40-41
    3.1.1 试验材料  40
    3.1.2 试验方法  40-41
  3.2 结果与分析  41-45
    3.2.1 EST-SSR 引物的信息分析  41-42
    3.2.2 华仁杏 EST-SSR 引物的筛选结果  42-44
    3.2.3 PCR 扩增谱带及 SSR 位点分析  44-45
  3.3 小结  45-47
第四章华仁杏栽培品种指纹图谱构建  47-67
  4.1 试验材料与研究方法  47-51
    4.1.1 试验材料  47-48
    4.1.2 试验方法  48-51
  4.2 结果与分析  51-64
    4.2.1 SSR 引物筛选结果及其位点分析  51-54
    4.2.2 数字化指纹图谱的构建  54
    4.2.3 63个样品的聚类分析结果  54-64
  4.3 小结  64-67
第五章结论与展望  67-69
  5.1 主要结论  67-68
    5.1.1 微卫星荧光显带技术的优化分析  67
    5.1.2 华仁杏 EST-SSR 引物开发  67
    5.1.3 华仁杏栽培品种指纹图谱构建  67-68
  5.2 讨论  68
  5.3 展望  68-69
参考文献  69-77
在读期间的学术研究  77-78
致谢  78-79
详细摘要  79-81

华仁杏品种资源SSR指纹图谱构建研究

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