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海水中胃肠道感染病毒的病原性检测及风险评价
作 者: 明红霞
导 师: 朱琳
学 校: 南开大学
专 业: 环境科学
关键词: 细胞培养结合实时定量PCR技术 感染性 肠道病毒 轮状病毒 风险评价
分类号: X824
类 型: 博士论文
年 份: 2012年
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内容摘要
胃肠道感染病毒是除细菌之外的引起胃肠道疾病的主要病原体之一,通过接触娱乐用水或食用被污染的贝类感染人体。这类病毒主要来源于人畜粪便等排泄物污染的生活污水,在各种水环境中普遍存在,并且存活时间长,感染剂量低,可以通过娱乐用水或食用海产品感染人类。因此,建立其快速、高效的检测技术,对于水传播疾病的预防和控制是迫切需要的。然而目前尚没有一种同时确定其感染性和快速定量的方法,给人体健康风险评估带来了很大的障碍。因此,本论文从这一点出发,开展了以下相关的工作。选取具有指示作用的胃肠道感染病毒—肠道病毒(EV)和感染性最强的胃肠道感染病毒—轮状病毒(RV)为指示微生物,实现以下目标:1.建立快速定量水环境中具有感染性病毒浓度的方法,同时探讨不可培养病毒的病原性检测方法;2.将此方法在渤海湾天津海域进行了应用与可行性分析;3.通过探讨病毒在海洋环境中的存活时间和灭活机理,对病毒感染人体的健康风险进行了实际评估。主要研究内容和研究成果如下:1.分别建立了肠道病毒代表种脊髓灰质炎病毒(PV)和RV的细胞培养结合实时定量PCR(ICC-qPCR)检测方法,克服了细胞培养和实时定量PCR技术单独作用时的缺点,将细胞培养时间从7天缩短到了2天,并且灵敏度在real-timePCR方法的基础上提高了1个数量级,为细胞病变不明显或水环境中低污染浓度病毒的感染性检测提供了良好的技术支持。2.在比较超滤和吸附-洗脱这两种水环境中常用病毒浓缩方法的基础上,就不同的浓缩体积、不同孔径滤膜对超滤法浓缩效率的影响进行了探讨。结果表明,超滤浓缩法操作简单、耗时短、对病毒感染性损伤小;在超滤法中,相对于在10L海水中用超滤浓缩装置对病毒进行回收来讲,病毒分别经0.8μm和0.45μm孔径的混合纤维素酯微孔滤膜过滤后,再用超滤管直接对500mL海水中病毒浓缩效果最好。3.于2010年12月到2011年9月应用ICC-qPCR方法对渤海湾天津近岸海域表层海水中EV和RV进行了为期一年的监测。结果显示,在28个样品中,PV的阳性检出率为57%(16/28),EV71和Coxsackievirus A16为4%(1/28),RV为32%(9/28)。在该海域中,PV的浓度变化范围为0.2~196PFU/L;RV为2~244PFU/L。通过电镜和测序分析鉴定出PV均为Ⅰ型污染,而RV主要是Human rotavirus A的G1血清型污染,其次为G3型。4.建立了PV和RV的ELISA和特异性RT-PCR检测方法,并将这两种方法进行有机结合,应用到渤海湾表层海水的检测中,试图建立不可培养病毒的病原性检测方法。结果证明该方法能够克服两种手段单独作用时造成的假阳性弊端,并且在很大程度上与ICC-qPCR检测结果一致,适合较高浓度污染的病毒检测,但是由于其灵敏度有限,检测微量病毒污染时可能会造成结果的低估。5.采取实验室加标PV1疫苗株的方法,选取ICC-qPCR、大片段逐步步移PCR和核酸转染技术,探讨了病毒在自然海水中的存活时间和降解机理。结果显示在实验室不控温、不同盐度条件下,5.0×104PFU/mL浓度的PV1在秋冬季最长存活时间为13周,最短为10周。温度和抗病毒微生物是其灭活的主要影响因素,而盐度影响不显著。PV1的3’NCR受到损伤会造成病毒毒力下降,而5’NCR才是决定核酸感染性是否消失的关键。6.应用评价模型对主要胃肠道感染病毒造成的人体健康风险进行了评估。结果显示,在该研究海域RV相对于PV是主要致病病原体。当游泳者暴露体积为10mL/d时,在该海域感染PV的年风险范围为1.82×10-5(在最低浓度暴露1d)~1.63×10-1(在最高浓度暴露10d),低于可接受年风险(7.0×10-3)的概率为62.5%(暴露1d)~31.25%(暴露10d);暴露于RV的感染年风险范围为1.17×10-2(在最低浓度暴露1d)~9.93×10-1(在最高浓度暴露10d),远远超过了可接受的年风险。结论:本论文以PV和RV为试验对象,建立了ICC-qPCR病原性检测方法,为细胞病变不明显或病变时间长的病毒提供了新的检测和分离手段。结合ELISA和特异性RT-PCR方法在很大程度上能够反应不可培养病毒的病原性污染状况,适用于病毒污染比较严重的水体。在本研究设定的条件下,渤海湾表层海水中胃肠道感染病毒浓度,尤其是轮状病毒已经对娱乐者的健康造成了很大的威胁。本研究所建立胃肠道感染病毒的浓缩、检测方法可实现突发性水环境污染事故的快速检测和风险评价。
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全文目录
中文摘要 5-7 Abstract 7-16 缩略词表 16-17 第一章 引言 17-33 第一节 海水中胃肠道感染病毒的种类及其危害 17-24 1.1.1 胃肠道感染病毒的种类 17-20 1.1.2 胃肠道感染病毒的主要危害 20-21 1.1.3 胃肠道感染病毒的来源及其在水环境中的存活迁移 21-24 第二节 水环境中胃肠道感染病毒的检测 24-28 1.2.1 水环境中病毒的浓缩方法 24-26 1.2.2 水环境中病毒的检测方法 26-28 第三节 病原微生物的风险评价 28-30 1.3.1 水环境中病原微生物风险评价概述 29 1.3.2 水环境中病原微生物风险评价步骤 29-30 第四节 本论文的选题依据、研究目的、主要内容及技术路线 30-33 1.4.1 选题依据 30 1.4.2 研究目的、意义及主要内容 30-32 1.4.3 技术路线 32-33 第二章 胃肠道感染病毒 ICC-qPCR 方法的建立 33-56 第一节 研究背景 33-34 第二节 肠道病毒 ICC-qPCR 技术的建立 34-48 2.2.1 试验材料 34 2.2.2 试验试剂及仪器 34-36 2.2.3 主要试剂配制 36-37 2.2.4 脊髓灰质炎病毒细胞培养 37-39 2.2.5 PV 探针法 real-time PCR 方法的建立 39-45 2.2.6 肠道病毒 ICC-qPCR 技术方法学评价 45-48 第三节 轮状病毒 ICC-qPCR 方法的建立 48-55 2.3.1 试验材料 48 2.3.2 主要试剂 48-49 2.3.3 主要试剂配制 49 2.3.4 轮状病毒(SA11、Wa)细胞培养 49-50 2.3.5 RV 探针法 real-time PCR 方法的建立 50-54 2.3.6 轮状病毒 ICC-qPCR 技术方法学评价 54-55 第四节 小结 55-56 第三章 胃肠道感染病毒 ELISA 和特异性 RT-PCR 方法的建立 56-69 第一节 研究背景 56-57 第二节 脊髓灰质炎病毒研究方法的建立 57-65 3.2.1 参考病毒株 57 3.2.2 试验试剂及仪器 57-58 3.2.3 主要试剂配制 58-59 3.2.4 双抗夹心法 ELISA 方法的建立 59-63 3.2.5 PV 特异性 RT-PCR 方法的建立 63-65 第三节 轮状病毒研究方法的建立 65-68 3.3.1 参考病毒株 65 3.3.2 试验试剂及仪器 65 3.3.3 RV 检测的 ELISA 法建立 65-66 3.3.4 RV 的特异性 RT-PCR 方法的建立 66-68 第四节 小结 68-69 第四章 海水中胃肠道感染病毒浓缩方法的建立 69-78 第一节 研究背景 69-70 第二节 研究方法 70-74 4.2.1 试验材料 70 4.2.2 试验试剂及仪器 70-71 4.2.3 主要试剂配制 71 4.2.4 超滤浓缩法的建立 71-72 4.2.5 膜吸附-洗脱法的建立 72-73 4.2.6 病毒回收率的计算 73 4.2.7 浓缩过程对病毒感染性的损伤检测 73-74 第三节 试验结果 74-75 4.3.1 病毒回收率 74-75 4.3.2 组织培养结果 75 第四节 轮状病毒回收率的测定 75-76 4.4.1 试验材料 75 4.4.2 RV 回收率测定 75-76 4.4.3 RV 回收率的计算 76 第五节 讨论 76-77 4.5.1 回收方法的选择 76 4.5.2 前处理对病毒回收率的影响 76-77 4.5.3 浓缩体积的选择 77 第六节 小结 77-78 第五章 方法实例—渤海湾天津近岸海域表层海水中胃肠道感染病毒的检测 78-101 第一节 研究背景 78 第二节 ICC-qPCR 方法在海水中胃肠道感染病毒检测的应用 78-87 5.2.1 参考病毒株 78 5.2.2 试验试剂及仪器 78-79 5.2.3 水样采集 79-80 5.2.4 病毒浓缩 80 5.2.5 ICC-qPCR 方法的影响因素条件优化 80-83 5.2.6 海水中感染性肠道病毒的 ICC-qPCR 方法检测 83-86 5.2.7 海水中感染性轮状病毒的 ICC-qPCR 方法检测 86-87 第三节 ELISA 和特异性 PCR 方法的联合对海水的检测 87-90 5.3.1 参考病毒株 87 5.3.2 试验试剂及仪器 87-88 5.3.3 海水中 PV 的 ELISA 和特异性 RT-PCR 方法检测 88-89 5.3.4 海水中 RV 的 ELISA 和特异性 RT-PCR 方法检测 89-90 第四节 个例研究-未知病毒的鉴定 90-95 5.4.1 电镜检测 91-92 5.4.2 分子生物学方法鉴定 92-95 5.4.3 个例验证结果 95 第五节 讨论 95-99 5.5.1 病毒滴度的影响因素 95-96 5.5.2 ICC-qPCR 方法对渤海湾表层海水中 EV 和 RV 的污染分析 96-98 5.5.3 主要胃肠道感染病毒在渤海湾海水中的流行趋势 98 5.5.4 渤海湾海水 ELISA 结合特异性 PCR 技术与 ICC-qPCR 检测结果的对比 98-99 第六节 小结 99-101 第六章 肠道病毒在自然海水中的存活规律初探 101-112 第一节 研究背景 101-102 第二节 病毒的存活规律初探 102-111 6.2.1 参考病菌株 102 6.2.2 试验试剂及耗材 102 6.2.3 主要试剂配制 102-103 6.2.4 PV 核酸转染方法的建立 103-104 6.2.5 PV 大片段逐步步移 PCR 方法的建立 104-106 6.2.6 存活试验设计 106-107 6.2.7 试验结果 107-108 6.2.8 讨论 108-111 第三节 小结 111-112 第七章 水环境中胃肠道感染病毒的人体健康风险评价 112-130 第一节 研究背景 112 第二节 水样中病毒阳性样品的验证 112-121 7.2.1 水样中脊髓灰质炎病毒阳性样品的验证 112-118 7.2.2 水样中轮状病毒阳性样品的验证 118-121 第三节 胃肠道感染病毒引起的人体健康风险评价 121-128 7.3.1 常用的风险评价模型 121-122 7.3.2 常用风险评价模型参数的确定 122-124 7.3.3 脊髓灰质炎病毒潜在的人体健康风险 124-125 7.3.4 轮状病毒潜在的人体健康风险 125-126 7.3.5 讨论 126-128 第四节 小结 128-130 第八章 综合分析与总结 130-135 第一节 综合分析 130-132 第二节 创新点 132-133 第三节 研究建议与展望 133-135 8.3.1 海洋环境中肠道病毒存活机理的探讨 133 8.3.2 胃肠道感染病毒人体健康安全建议值的提出 133 8.3.3 两种病毒在同一细胞系中增殖的可能性 133 8.3.4 ELISA 和特异性 RT-PCR 联合定性反映不可培养病毒的感染性 133-135 参考文献 135-147 致谢 147-148 个人简历及发表文章 148-149 附录 A 149-151 附录 B 151-154
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中图分类: > 环境科学、安全科学 > 环境质量评价与环境监测 > 环境质量分析与评价 > 水质评价
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