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基于基因组混沌游戏表示的亲缘分析研究

作　者: 刘斐
导　师: 喻祖国
学　校: 湘潭大学
专　业: 计算数学
关键词: 混沌游戏表示 DNA序列蛋白质序列系统发生树
分类号: Q811.4
类　型: 硕士论文
年　份: 2013年
下　载: 16次
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内容摘要

本文首先介绍了生物信息学的产生背景、发展概况、研究内容以及基因组信息学的一些相关知识，具体介绍了DNA碱基序列和蛋白质序列的混沌游戏表示方法，以及怎么构造系统发生树等相关内容。本文提出，从基因组或与其对应的蛋白质氨基酸序列的混沌游戏表示出发，计算得到相应的测度，基于测度矩阵，计算相关距离得到序列的距离矩阵，最后构造系统发生树来进行亲缘分析。为了检验我们提出的方法是否有效，我们选取了两个不同的数据集：64种脊椎动物的线粒体完全基因组序列以及30种细小病毒的蛋白质序列进行亲缘分析。我们对这两个数据集的物种的分类效果进行了分析和讨论，根据亲缘分析得出的系统发生树显示，以上方法是有效的。同时在本文的最后，对上述方法提出了一些可能改进的初步设想，有待进一步的计算和研究。

全文目录

摘要  5-6
Abstract  6-8
第一章综述  8-12
  1.1 生物信息学的产生背景和主要研究内容  8-9
  1.2 基因组信息学  9-10
  1.3 本文主要工作  10-12
第二章预备知识  12-24
  2.1 混沌游戏表示简介  12-14
  2.2 混沌游戏表示的应用  14-17
  2.3 系统发生树  17-24
第三章基于基因组混沌游戏表示的亲缘分析  24-30
  3.1 基于混沌游戏表示的亲缘分析  24-26
  3.2 数据的选取及分析结果  26-30
第四章总结及讨论  30-31
参考文献  31-35
致谢  35

基于基因组混沌游戏表示的亲缘分析研究

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