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中国寄生虫数据库（ChinaPathDB）的数据准备及相关生物信息学分析

作　者: 魏佳
导　师: 李亦学
学　校: 华东理工大学
专　业: 生物化学与分子生物学
关键词: 中国寄生虫数据库蛋白蛋白相互作用受体预测血红蛋白降解途径结构
分类号: R38
类　型: 硕士论文
年　份: 2011年
下　载: 41次
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内容摘要

本论文以中国特有的寄生虫数据库(ChinaPathDB)的构建为依托,收集整理数据库的基础数据,并基于这些数据进行深入的生物信息学分析。收集的数据类型主要有寄生虫相关的转录组数据,对这些数据进行了详细的归纳总结。基于这些基础数据,从三个方面出发,进行生物信息学上的分析。具体来说,首先,基于秀丽线虫现有的蛋白蛋白相互作用数据,预测了日本血吸虫和曼氏血吸虫的蛋白相互作用网络,为寄生虫数据库的使用者对蛋白蛋白相互作用的研究带来了便利。其次,预测了微小隐孢子虫、恶性疟原虫、日本血吸虫和曼氏血吸虫四个物种的受体(包括G蛋白偶联的受体、核受体、阮病毒蛋白、钾离子通道),完成了数据库受体预测这一块的工作。最后,对日本血吸虫和曼氏血吸虫的血红蛋白降解途径进行分析,从序列和结构两个角度来分析血吸虫的血红蛋白降解情况。这部分的研究相对独立,依据疟原虫的血红蛋白降解途径为基础,预测出血吸虫的血红蛋白降解途径,并对降解途径上的关键酶的保守结构域和底物结构进行预测,研究酶与底物在三维结构上的相互作用关系。

全文目录

摘要  5-6
Abstract  6-9
第1章前言  9-21
  1.1 生物信息学在寄生虫学领域的应用  9-10
  1.2 寄生虫数据库  10-12
  1.3 寄生虫与宿主  12-13
  1.4 重要的模式寄生虫背景知识介绍  13-21
    1.4.1 疟原虫  13-17
    1.4.2 血吸虫  17-21
第2章中国寄生虫数据库(ChinaPathDB)表达谱数据的收集、整理  21-26
第3章基于寄生虫公共数据的二次分析  26-34
  3.1 血吸虫蛋白蛋白相互作用(PPI)网络的构建  26-31
    3.1.1 研究背景  26-28
    3.1.2 材料和方法  28-29
    3.1.3 结果与讨论  29-31
  3.2 寄生虫受体预测  31-34
    3.2.1 研究背景  31-32
    3.2.2 材料和方法  32
    3.2.3 结果与讨论  32-34
第4章血吸虫血红蛋白降解途径关键酶蛋白的序列分析和结构分析  34-57
  4.1 研究背景  34-41
    4.1.1 疟原虫血红蛋白降解途径及其关键酶  34-38
    4.1.2 疟原虫食物泡中的抗疟药靶点  38
    4.1.3 存贮于PDB数据库的恶性疟原虫血红蛋白降解酶结构  38-40
    4.1.4 蛋白质结构模拟与分子对接  40-41
  4.2 材料和方法  41-44
    4.2.1 构建日本血吸虫、曼氏血吸虫的血红蛋白降解途径  41
    4.2.2 血红蛋白降解酶的保守结构域同源建模  41-43
    4.2.3 用于分子对接的receptor的准备  43-44
    4.2.4 用于分子对接的ligand的准备  44
    4.2.5 保守结构域与底物片段的对接  44
  4.3 结果与讨论  44-57
    4.3.1 日本血吸虫、曼氏血吸虫的血红蛋白降解途径  44-47
    4.3.2 血红蛋白降解酶保守结构域的同源建模及分析  47-52
    4.3.3 底物片段的结构  52-54
    4.3.4 酶与底物片段的对接结果  54-57
第5章总结与展望  57-58
参考文献  58-63
致谢  63-64
附录1  64-70

中国寄生虫数据库（ChinaPathDB）的数据准备及相关生物信息学分析

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