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基于线粒体COⅠ和12SrRNA基因的常见肉食螨系统分析

作　者: 田原
导　师: 夏斌
学　校: 南昌大学
专　业: 生态学
关键词: 肉食螨 COⅠ基因 12S rRNA基因系统分析
分类号: S379.5
类　型: 硕士论文
年　份: 2011年
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内容摘要

本论文基于线粒体COⅠ基因、12S rRNA基因对肉食螨亚科常见的3属5种肉食螨(马六甲肉食螨、强壮肉食螨、转开肉食螨、鳞翅触足螨及中华真扇毛螨)的系统关系进行分析,主要研究内容和结果如下：1、五种肉食螨的COⅠ基因系统分析对五种肉食螨的碱基组成研究发现,碱基组成存在明显的偏向性,A+T含量明显高于G+C含量,这一现象在其他无脊椎动物线粒体DNA序列中也普遍存在；对五种肉食螨的COⅠ基因序列进行对比,可以看出：在核苷酸位点中,没有插入、缺失及终止密码子出现,共检测到348个变异位点,179个简约信息位点。从mtDNA-CO I分子水平上对马六甲肉食螨与近缘种间的遗传关系的初步研究表明：马六甲肉食螨与强壮肉食螨亲缘关系非常近,两者遗传距离为0～0.039,属于马六甲肉食螨9个不同地理种群间的遗传距离范围内；从变异位点来分析,马六甲肉食螨与强壮肉食螨COⅠ基因序列差异非常小,共有44个变异位点,仅增加8个新的变异位点；从系统进化树来看,强壮肉食螨5个地理种群聚在马六甲肉食螨9个地理种群内,而不是独立成一支,并且采自同一地区的这两种螨首先聚在一起,然后不同地理种群的这两种螨聚在一起,再与转开肉食螨聚在一起,故认为强壮肉食螨与马六甲肉食螨差异是属于种内水平。在对肉食螨线粒体DNA的COⅠ基因序列进行测定和分析的基础上,对肉食螨亚科5种肉食螨包括肉食螨属3种、触足螨属1种和真扇毛螨属1种,构建了分子系统发育树,从NJ和MP树显示,拓扑结构一致,肉食螨科3个属间的系统关系为(肉食螨属+触足螨属)+真扇毛螨属；5种肉食螨的系统关系为{[(马六甲肉食螨+强壮肉食螨)+转开肉食螨]+鳞翅触足螨}+中华真扇毛螨。2、五种肉食螨的12S rRNA基因系统分析对五种肉食螨的12S rRNA基因部分序列进行测定和分析。扩增的片段在碱基组成存在明显的偏向性,A+T含量明显高于G+C,这一现象也在其他蜱螨类中普遍存在。马六甲肉食螨6个不同地理种群的基因序列仅有一个碱基的差异,转开肉食螨的2个地理种群没有差异,遗传分化程度很小,肉食螨属内不同种之间(遗传距离为0-0.047)和不同属之间(遗传距离为0.074-0.118)有一定的分化现象,并且置信度较高,表明12S rRNA基因序列适合作为肉食螨种间、属间系统发生研究的分子标记,预示该基因不适合用于肉食螨种下遗传分化的分子标记。基于12S rRNA基因分子水平上对五种肉食螨遗传关系的初步研究表明：马六甲肉食螨与强壮肉食螨亲缘关系非常近,同一地理种群的两种肉食螨的序列是完全相同的,而马六甲肉食螨与另外三种肉食螨在系统进化树上可以很好的分开。故认为强壮肉食螨与马六甲肉食螨是属于种内水平。从NJ、MP系统树看出,肉食螨属的三种肉食螨首先聚在一起,然后与触足螨属的鳞翅触足螨聚在一起,再与真扇毛螨属的中华真扇毛螨聚在一起。基于12S rRNA基因构建的系统树显示肉食螨科3属间关系为：(肉食螨属+触足螨属)+真扇毛螨属。

全文目录

摘要  3-5
ABSTRACT  5-9
第1章引言  9-18
  1.1 肉食螨分类学研究概述  9-11
  1.2 蜱螨分子系统学研究概况  11-12
    1.2.1 分子系统学简述  11
    1.2.2 应用于螨类分子系统学研究的分子标记  11-12
  1.3 线粒体的结构特点  12-17
    1.3.1 线粒体DNA的遗传特点  13-14
    1.3.2 线粒体COⅠ基因及其在螨类分子系统学研究中的应用  14-15
    1.3.3 线粒体12S rRNA基因及其在螨类分子系统学研究中的应用  15-17
  1.4 本论文研究的目的和意义  17-18
第2章基于线粒体COⅠ基因常见肉食螨的系统分析  18-39
  2.1 实验材料与试剂  18-20
    2.1.1 肉食螨的采集与鉴定  18-20
    2.1.2 主要试剂及配制  20
    2.1.3 仪器  20
  2.2 基因的提取与测序  20-23
    2.2.1 基因组DNA的提取方法  20-21
    2.2.2 COⅠ基因的PCR扩增  21-22
    2.2.3 扩增产物的检测  22
    2.2.4 PCR产物纯化及目的片段序列测定  22-23
    2.2.5 序列分析  23
  2.3 结果与分析  23-35
    2.3.1 基因组DNA提取,COⅠ-PCR扩增及序列测定  23-25
    2.3.2 同一采集地点同种肉食螨COⅠ基因序列分析  25
    2.3.3 肉食螨亚科五种肉食螨COⅠ基因序列分析  25-35
  2.4 小结与讨论  35-39
    2.4.1 同一地理种群同种肉食螨的序列分析  35
    2.4.2 马六甲肉食螨9个不同地理种群的系统分析  35-36
    2.4.3 五种肉食螨的COⅠ基因系统关系研究  36-39
第3章基于12S rRNA基因常见肉食螨的系统分析  39-52
  3.1 实验材料与试剂  39-40
    3.1.1 肉食螨的采集与鉴定  39-40
    3.1.2 主要试剂和仪器  40
  3.2 基因的提取与测序  40-43
    3.2.1 基因组DNA的提取方法  40-41
    3.2.2 12S rRNA基因扩增  41-42
    3.2.3 扩增产物的检测  42
    3.2.4 PCR产物纯化及目的片段序列测定  42-43
    3.2.5 序列分析  43
  3.3 结果与分析  43-50
    3.3.1 基因组DNA提取,12S rRNA扩增及序列测定  43-44
    3.3.2 同一采集地点同种肉食螨12S rRNA基因序列分析  44
    3.3.3 肉食螨亚科五种肉食螨12S rRNA基因序列分析  44-50
  3.4 小结与讨论  50-52
    3.4.1 五种肉食螨12S rRNA基因序列分析  50
    3.4.2 五种肉食螨系统分析  50-51
    3.4.3 基于C0 I基因和12S rRNA基因的五种肉食蜻系统分析  51-52
第4章结论  52-54
致谢  54-55
参考文献  55-62
附录肉食螨部分种类COⅠ基因测序荧光峰图  62-66
攻读学位期间的研究成果  66

基于线粒体COⅠ和12SrRNA基因的常见肉食螨系统分析

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