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材料中蛋白质含量测定及蛋白质模体分析

作　者: 王艳芬
导　师: 黄积涛
学　校: 天津理工大学
专　业: 应用化学
关键词: 蛋白质含量聚合物包埋蛋白质铜络合灰化氨基酸残基的组装催化三元组活性部位
分类号: O629.73
类　型: 硕士论文
年　份: 2006年
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内容摘要

蛋白质含量测定是现代生物模板印迹技术的主要内容。以往的蛋白质含量测定均是在溶液中进行,而交联型聚合物中蛋白质含量的测定则依赖于放射性同位素示踪法。本文构建了一种简易、方便测定热固型聚合物中蛋白质含量的方法。将双缩脲反应、高温灰化和原子吸收光谱结合起来,先将聚合物中的蛋白质与铜络合,再用高温分解聚合物,最后以原子吸收光谱测定铜的浓度,进而得到蛋白质的含量。此外,蛋白质3D结构中,氨基酸残基间的相互作用是维系构象的重要因素。几个残基通常聚集在一起,或维系蛋白质结构,或协同执行蛋白质的功能。本文通过对蛋白质结构内残基的空间分布进行分析,提取出2～5个残基的组合,统计出现的频率和分布。结果表明,二元组在维系蛋白质三级结构中起重要作用,而三元组、四元组和五元组与蛋白质的功能有着密切的关系。这些多元组可为蛋白质结构与功能的研究提供必要的信息。

全文目录

中文摘要  5-6
英文摘要  6-9
第一章前言  9-11
第二章文献综述  11-20
  2.1 蛋白质印迹技术及模板蛋白质的标记  11-15
    2.1.1 蛋白质模板印迹的主要方法  11-13
    2.1.2 蛋白质印迹模板的标记  13-15
  2.2 蛋白质空间结构  15-18
    2.2.1 蛋白质的3D结构  15-17
    2.2.2 氨基酸侧链残基模板  17
    2.2.3 计算工具与生物信息学数据源  17-18
  2.3 研究设想  18-20
第三章热固型聚合物中蛋白质含量的测定  20-31
  3.1 实验部分  20-21
    3.1.1 试剂  20
    3.1.2 表征  20-21
  3.2 操作步骤  21-22
    3.2.1 蛋白质与双缩脲试剂的反应  21
    3.2.2 聚丙烯酰胺包埋酪蛋白  21
    3.2.3 聚合物的灰化  21
    3.2.4 灰化聚合物的酸溶  21-22
    3.2.5 原子吸收检测铜离子浓度  22
  3.3 结果与讨论  22-31
    3.3.1 溶液中蛋白质含量的测定  22-25
    3.3.2 聚合物中蛋白质含量的测定  25-31
第四章蛋白质结构中氨基酸残基聚集体的识别与分析  31-44
  4.1 材料与方法  31-35
    4.1.1 蛋白质氨基酸残基端点的提取  31-33
    4.1.2 氨基酸残基端点的聚类分析  33-34
    4.1.3 氨基酸残基端点的组合频率  34-35
  4.2 结果与讨论  35-44
    4.2.1 372 个非冗余PDB记录二至五元残基组合频率表  35-39
    4.2.2 对蛋白质残基侧链组合多元频率表的分析  39-44
第五章蛋白质空间模体的识别与功能研究  44-53
  5.1 材料与方法  44-45
    5.1.1 蛋白质氨基酸残基端点的提取  44
    5.1.2 氨基酸残基端点的聚类分析  44-45
    5.1.3 在聚类树中对蛋白质活性部位的查找  45
  5.2 结果与讨论  45-53
    5.2.1 标记蛋白质活性部位残基组合情况的聚类树  45-51
    5.2.2 对活性部位的提取  51
    5.2.3 对活性部位组合情况的分析  51-53
第六章结论  53-55
参考文献  55-60
致谢  60-61
附录一论文使用的主要符号的意义和单位  61-62
附录二 :PDB SELECT/what if选择高分辨率的同源性小于30%的372个蛋白质结构记录  62-63
附录三 C 语言编辑程序  63-67
附录四 372 个非冗余蛋白质残基三元组合频率表  67-70
硕士论文工作期间的成果  70-71

材料中蛋白质含量测定及蛋白质模体分析

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